Preparación ligandos-docking

                                                                        06 de mayo de 2022

Preparación ligandos-docking

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1. Fuentes (origen) de los ligandos a explorar por docking?

Por medio de búsqueda virtual a gran escala (iScreen, DOCK Blaster, USR-VS).

2. Que es diseño de ligandos basado en estructura de ligando?

El diseño de fármacos basado en ligandos es un enfoque utilizado en ausencia de la información 3D del receptor y se basa en el conocimiento de las moléculas que se unen al objetivo biológico de interés. Las relaciones de actividad de la estructura cuantitativa en 3D (3D QSAR) y el modelado de farmacóforos son las herramientas más importantes y ampliamente utilizadas en el diseño de fármacos basados ​​en ligandos. Pueden proporcionar modelos predictivos adecuados para la identificación y optimización de blancos potenciales.

3. Que es diseño de ligandos basado en estructura del blanco (target)?

Es el enfoque en el que se explota la información estructural del objetivo del fármaco para el desarrollo de su inhibidor. La(s) estructura(s) del receptor es un requisito previo para este método. Lo más común es que la estructura del receptor se determine mediante técnicas experimentales como la cristalografía de rayos X o la RMN. Si la estructura de la proteína diana del fármaco no está disponible, la estructura de la proteína se puede predecir mediante métodos computacionales.

4. Antes del docking cómo se pueden filtrar los ligandos más promisorios?

Carga neta, peso molecular, área de superficie polar, solubilidad, disponibilidad comercial, umbrales de similitud, farmacóforos, accesibilidad sintética y propiedades de absorción, distribución, metabolismo, excreción y toxicología.

5. Para docking que información estructural requiere tener el ligando

Naturaleza química, denticidad, estado de oxidación, carga, tipo de enlace.

6. Por que es importante minimizar la estructura del ligando.

Para lograr una conformación con la energía más baja que ilustre su estabilidad.

7. Si no se minimiza la estructura de un ligando de donde se pueden obtener sus coordenadas.

Por medio de herramientas como autodock, OpenGrowth o Chimera.

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