Trabajo participación BIOINFORMÁTICA
Enviado por andresbas94 • 22 de Abril de 2017 • Prácticas o problemas • 328 Palabras (2 Páginas) • 117 Visitas
Trabajo participación BIOINFORMÁTICA
1.- Para el análisis de niveles de expresión de varios genes y su clasificación se utilizó el método de mixturas que hemos visto en clase. Las estimaciones de los parámetros fueron: ˆπ = 0.118, ˆµU = −0.204, ˆσ 2 U = 0.044, ˆµE = 1.524 y ˆσ 2 E = 0.126. En un nuevo experimento se midieron los niveles de expresión de cuatro nuevos genes y se obtuvieron estos valores:
-0.233 1.468 -0.213 1.883
Se pide:
1. Realiza un contraste para cada valor para ver si su media proviene de la distribución de genes no expresados o de los expresados. Para los contrastes, utiliza un nivel de expresión del 90% (zα/2 = 1.64).
MEDIA | VARIANZA | |
SE EXPRESA | -0,204 | 0,044 |
NO SE EXPRESA | 1,524 | 0,126 |
Expresión | Límite inferior | Límite superior | NO SE EXPRESA | SE EXPRESA | SUMA |
1,835 | 0,585 | 3,085 | 0 | 1 | 1 |
1,408 | 1,408 | 1,408 | 0 | 1 | 1 |
0,077 | 0,077 | 0,077 | 1 | 0 | 1 |
-0,083 | -0,083 | -0,083 | 1 | 0 | 1 |
zs µ=-0,204 | zs µ=1,524 | NO SE EXPRESA | SE EXPRESA | SUMA | RESULTADO |
9,721 | 0,876 | FALSO | VERDADERO | 1 | SE EXPRESA |
7,685 | -0,327 | FALSO | VERDADERO | 1 | SE EXPRESA |
1,340 | -4,076 | VERDADERO | FALSO | 1 | NO SE EXPRESA |
0,577 | -4,527 | VERDADERO | FALSO | 1 | NO SE EXPRESA |
2. Utilizando el método de clasificación basado en el Teorema de Bayes, determina si un gen se expresa o no a partir del nivel de expresión.
NIVEL EXPR. | p*fe(Yg)+((1-p)*fu(Yg)) | p | muE | sigmaE | muU | sigmaU | p*fe(Yg) | P(Eg/Yg) |
1,835 | 0,0178 | 0,118 | 1,524 | 0,126 | -0,204 | 0,044 |
| 1 |
1,408 | 0,2446 | 1 | ||||||
0,077 | 0,0000 | 0 | ||||||
-0,083 | 0,1823 | 0 |
Al realizar el teorema de Bayes y el contraste número 2 podemos confirmar que se expresa de la misma forma en los tres
2.- Diseña un Modelo de Markov Oculto para determinar si una secuencia de tres nucleótidos pertenece al aminoácido Fenilalanina
La fenilalanina puede ser codificada por 2 secuencias de nucleótidos UUU y UUC
Inicio | ------> | Match 1 | ------> | Match 2 | ------> | Match 3 | ||
Cadena | U | U | C | |||||
Probabilidad | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0,5 | |
A | 0 | A | 0 | A | 0 | |||
U | 1 | U | 1 | U | 0,5 | |||
G | 0 | G | 0 | G | 0 | |||
C | 0 | C | 0 | C | 0,5 |
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