Los ecosistemas acuáticos se dividen en condiciones submarinas, ecosistemas de agua dulce, estuarios y ecosistemas marinos.

Los ecosistemas acuáticos se dividen en condiciones submarinas, ecosistemas de agua dulce, estuarios y ecosistemas marinos.

Las condiciones submarinas son las que se ven afectadas por una gran variedad de factores ambientales, tales como la profundidad del agua, que se divide en zona fótica y zona afótica; temperaturas y corrientes, que al igual que los hábitats terrestres son más cálidos cerca del ecuador y más fríos cerca de los polos, además que las corrientes de los lagos y océanos pueden afectar discretamente ya que pueden acarrear agua fría o caliente; la disponibilidad de nutrientes que son importantes para la vida en estos ecosistemas, estos nutrientes varían dentro de los cuerpos de agua e influyen en el tipo de organismos que ahí habitan.

Entre los ecosistemas de agua dulce se encuentran los ríos y arroyos que se originan de fuentes de agua subterránea en las montañas o colinas; de lagos y lagunas y humedales de agua dulce, este último es un ecosistema en el que el agua cubre el suelo o está presente en la superficie en ciertas partes del año.

Los estuarios son importantes, ya que sirven como lugares de desove y viveros ecológicos y comerciales para gran variedad de peces y mariscos.

Los ecosistemas marinos se dividen en zona intermareal, cuyos organismos están sumergidos en agua salada durante la marea alta y expuestos durante la marea baja; océano costero, el cual se extiende desde la marca de la marea baja hasta la plataforma continental, y el océano abierto que comienza desde el borde de la plataforma continental y se extiende hacia afuera, además forma más del %90 del área oceánica

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