CUANTIFICACIÓN DE ADN GENÓMICO POR NANODROP

CUANTIFICACIÓN DE ADN GENÓMICO POR NANODROP

Rivadeneira Amy.1

Laboratorio de Ingeniería Genética; Facultad de Ciencia e Ingeniería en Alimentos;

Universidad Técnica de Ambato

Resumen

Se cuantificó ADN gnómico extraído de células de diferentes cepas de levaduras, se determinaron la concentración de ADN y la pureza de las muestras empleando el equipo Nanodrop, considerando los rangos aceptables de pureza del ADN (1,8 a 2), los valores obtenidos por los subgrupos de trabajo cayeron dentro del rango por lo que se considera que el protocolo de Hoffman aplicado para la extracción de AND genómico se realizó de manera apropiada.

Palabras clave: Cuantificación de ADN, Nanodrop, pureza, ADN genómico.

Introducción

Un espectrofotómetro para la medición de ácido nucléico es un instrumento analítico utilizado en biología molecular para determinar las concentraciones medias del ADN ácidos nucleicos o ARN presente en una mezcla, así como su pureza. Hasta la fecha, hay dos enfoques principales utilizados por los científicos para cuantificar ADN o ARN. Estos son espectrofotometría y de marcado de fluorescencia (Chan, et. al., 2011)

Nanodrop se trata de un equipo conectado al sistema informático que permite llevar a cabo una cuantificación de la materia de forma muy exacta y precisa en base a la medida de absorbancia de la misma.

Tras iniciar el sistema con la opción de medición de muestras de ácidos nucleicos y efectuar un lavado de las lentes (base y tapa del Nanodrop) con gotas de agua, se procede a la medición de las distintas muestras. Entre muestra y muestra basta con limpiar la base y la tapa con un trozo de papel. Los resultados referentes a las mediciones quedan guardados en el sistema informático. A partir de los datos de concentración de DNA (μg/μl) obtenidos tras las mediciones, se hacen los cálculos correspondientes para conseguir diluciones de 40 μg/μl o en el caso de concentraciones altas, diluciones 1/5,1/10 y 1/20 (Somma, et. al., 2013).

Por último, se lleva a cabo una evaluación de los resultados obtenidos en base a lo que indica cada una de las longitudes de onda:

* 260nm: longitud de onda a la que absorbe el DNA.

* 260nm/280nm: cociente de estimación de la calidad o pureza del

* DNA. El valor óptimo oscila entre 1.8-2.0

* 230nm: valor influenciado por la presencia de sales en la muestra.

* 320nm: medida de la turbidez de la muestra.

(Dedhia, et. al., 2010).

Se cuantificaran la pureza y concentración de ADN genómico de levaduras en ng/μL, y determinará si los valores experimentales de pureza se encuentran dentro del rango de 1,8 a 2,0 para poder ser considerados puros.

Materiales y métodos

Para la cuantificación de ADN genómico se empleó el equipo Nanodrop™2000 (Thermo Scientific, USA), previo a la cuantificación se realizó un lavado de lentes del equipos con 2 μL de agua ultrapura (Invitrogen, USA), después de esto se procedió a colocar 2 μL de ADN genómico extraído de levaduras, se dejó correr el programa y se anotaron los valores correspondientes a concentración de ADN y pureza.

Resultados y discusión

Después de haber colocado las muestras de ADN genómico extraídos de cepas de levaduras en los lentes del equipo Nanodrop, se procedió a realizar las lecturas en el sistema computarizado, los resultados obtenidos en los parámetros de concentración de ADN genómico (ng/μL) y la pureza, se encuentra en la tabla#1, haciendo un análisis de los valores de pureza obtenidos fundamentándose en lo expuesto por Somma en su artículo técnico acerca de los valores de pureza (relación 260nm/280nm) aceptables para cuantificación de ADN es evidente que la mayoría de las muestras caen dentro del rango de pureza de 1,8 a 2, por lo que se considera que el ADN extraído es puro, el único valor que sobrepasa este rango es el valor obtenido para la muestra 2274 dicho valor al estar solo 0,01 por fuera del rango se puede considerar puro. De los valores de pureza obtenidos es evidente que el protocolo de extracción de ADN (protocolo de Hoffman) fue realizado apropiadamente.

Tabla N#1: Resultados experimentales

N° Muestra

Código de muestra

Pureza

(260/280)

[ADN genómico] (ng/μL)

260/230

1

CC 038

1,83

2042,3

1,97

2

CC 037

1,89

3383,9

1,49

3

2274

2,01

2499,9

1,89

4

CC 039

1,78

3333

1,66

Fuente: Laboratorio de Ingeniería Genética-FCIAL

Elaborado por: Amy Rivadeneira.

Cuestionario

1. Indique otra manera de cuantificar la concentración de ADN.

Cuantificación por Fluorescencia con Bromuro de etidio.

Si la concentración de ADB es inferíos a 250 ng/μL, no es posible realizar el ensayo espectrofotométrico. Este otro método es más sensible se basa en la fluorescencia que resulta de la formación de un complejo entre el ADN y el bromuro de

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