Digestión DNA

[pic 1][pic 2][pic 3]

s divalentes para escindir el ADN, aunque no es necesario para su unión (Vasu, y otros, 2013); la enzima corta en sentido 5’ a 3’ y reconoce la secuencia 5’GGTACC3’.

Los fragmentos de ADN se los puede analizar con el uso de electroforesis horizontal, esta técnica se usa para separar y purificar moléculas según el tamaño o carga.

Bacteriophage lambda: Early pioneer and still relevant

Materiales y Métodos

Digestión enzimática

Se calculó el volumen de enzima KpnI de acuerdo a su concentración 10U/µL para una actividad de 2U (1X) se tomó 0,2µL. Para DNA (bacteriófago lambda) a concentración 0,3µg/µL y obtener 1µg se agregó 3,3µL. Los volúmenes en una digestión completa para dos tubos, se empleó 0,4µL de enzima KpnI, 6,6µL de DNA (bacteriófago lambda), 5µL Buffer J y  se llegó a 25µL con 38µL de agua ultrapura. En el control sin DNA en un tubo se ocupó 0,2µL de enzima KpnI, 2,5µL de Buffer J y con 22,3µL de agua ultrapura hasta los 25µL. Finalmente en un control sin enzima para un tubo se aplicó 3,3µL de DNA (bacteriófago lambda), 2,5 µL de Buffer J y se consiguió un volumen de 25µL con 19,2µL de agua ultrapura.

Resultados

Resultados Experimentales

[pic 4]

Ilustración 1: Resultados de la electroforesis de los grupos 3 y 4 del NRC: 3815. M representa el marcador de tamaño.

[pic 5][pic 6]

Ilustración 2: Resultados de la electroforesis del grupo 4 (enzima KPN 1). En A y B no se observa digestión, en C está el control sin enzima y en D el control sin DNA.

En la electroforesis podemos observar que en el control sin enzima en el corredor C (-enz) hay una sola banda bien definida, no presenta fragmentos de DNA, mientras que en el control sin DNA en el corredor D (-DNA) no hay ninguna banda que evidencia presencia de material genético. En los corredores A y B las bandas están bien definidas al igual que en el corredor C, no hay fragmentos de DNA que evidencien la digestión de la muestra con la enzima de KPN 1.

Resultados Teóricos

Los resultados teóricos se obtuvieron a partir de las herramientas bioinformáticas disponibles como NebCutter y SnapGene, ademas de la base de datos de GenBank para obtener las secuencias del genoma lambda completo.

[pic 7]

Ilustración 3: Genoma completo obtenido de la herramienta GenBank de Enterobacteria Phage Lambda.

[pic 8]

Ilustración 4: Ilustración del genoma lambda circular con sus respectivos ORFs y la variedad de  enzimas digestivas disponibles en la herramienta bioinformática NebCutter.

...