Búsqueda de microsatelites en camarones

UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE HONDURAS

Facultad de Ciencias

Escuela de Microbiología

Orientación de Microbiología Industrial

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Investigación de Microbiología Industrial (MB - 380)

“Búsqueda de microsatélites en camarones”

Integrantes

Gissell X. Godoy                20091001221

Lineth A. Galo                 20121002938

Mariela I. Calderón             20123000020        

Sección: 1300

Catedrático Asesor: Dr. Jorge Carrasco

6 de noviembre de 2017

Ciudad Universitaria, Tegucigalpa.

Contenido

Objetivos        4

Objetivo General        4

Objetivos específicos        4

Introducción        5

Justificación        6

Marco teórico        7

Generalidades de la camaronicultura en Honduras        7

Generalidades biológicas de los camarones        8

Ventajas y desventajas de la producción de camarones        10

Ventajas        10

Desventajas        10

Diferencias de especias        11

Generalidades especificas del camarón blanco        12

Métodos utilizados para el estudio de análisis molecular en camarón        14

Marcadores basados en la PCR        15

Los microsatélites        18

Metodología        20

Muestreo (procedencia de la muestra)        20

Extracción de ADN        21

Evaluación cualitativa de la extracción        22

Amplificación de los fragmentos de ADN (PCR – PF)        23

Visualización de amplificados        25

Resultados y discusión        27

Verificación de los primers mediante Blasteo (bioinformática)        27

Evaluación de la extracción de ADN        29

Discusión        29

Conclusiones        32

Referencias        33

Objetivos

Objetivo General

Evaluar la presencia del marcador microsatelital en muestra de camarón doméstico (Litopenaeus vannamei) 

Objetivos específicos

• Determinar la presencia del microsatélites en camarones domésticos por la técnica de PCR- punto final.

• Verificar Cebadores de tipo microsatelitales de las secuencias previamente caracterizadas mediante la Herramienta Blast en la base de datos bioinformática (NCBI).

Introducción

El camarón es en la actualidad el tercer producto de exportación más importante de Honduras y el primer producto no tradicional de exportación, siendo superado únicamente por el banano y el café, dos cultivos de larga tradición en el país. (Lawrence Pratt, 1997)

En Honduras la producción camaronera se maneja en la zona sur. La producción de camarón cultivado requiere de ciertas condiciones ecológicas, que son cumplidas en los departamentos de Valle y Choluteca, donde existen condiciones óptimas por la calidad del agua, manglares y otros organismos del hábitat marino que se encuentran en la zona.

El camarón es un crustáceo del orden de los decápodos. Suelen ser transparentes, de color rosado o castaño. Los camarones Peneidos se reproducen todo el año, cada mes pueden encontrarse individuos, de diferentes edades en cada etapa del ciclo de vida. Vive la mayor parte del tiempo en zonas influenciadas por deltas, estuarios o lagunas; sobre fondos generalmente fangosos, fango-arenosos o arenosos, ricos en materia orgánica. (Programa Desarrollo Económico Sostenible en Centroamérica (DESCA), 2010)

Los programas de mejoramiento genético en el sector camaronero son de vital importancia debido a las bajas producciones que se han dado desde la aparición de nuevas enfermedades virales. Uno de los cambios que se está dando es la domesticación de la especie con los objetivos de no depender de la larva silvestre y de mejorar la especie genéticamente (Vivanco Muñoz & Perez, 2009)

Con la utilización de marcadores genéticos tipo microsatélites se puede determinar la identidad genética de los individuos seleccionados por familias y de esta forma determinar su grado de parentesco. La información obtenida puede ser utilizada para realizar cruces dirigidos que permitan rescatar alelos que están en baja proporción o a punto de extinguirse en la población seleccionada. Esto permite mantener la variabilidad genética a niveles adecuados y evitar problemas de consanguinidad. (Vivanco Muñoz & Perez, 2009)

Justificación

En la actualidad en Latinoamérica los programas de mejoramiento genético en la camaronicultura y otras industrias han tomado gran auge, ya que los mismos han ayudado en el aumento de la producción. Estos programas utilizan herramientas moleculares tales como microsatélites entre otros.

Los microsatélites se han convertido en los marcadores moleculares predilectos en una gran variedad de estudios ecológicos y evolutivos, tanto a nivel de individuos como de poblaciones.

La caracterización de marcadores moleculares dentro del esquema de un programa de mejoramiento genético en el camarón blanco trae consigo múltiples ventajas: 1) generar el conocimiento básico sobre las características de secuencias nucleotidicas y su organización en el genoma, 2) permitir monitorear los niveles de variabilidad genética y endogamia, 3) permitir el desarrollo de mapas genéticos , y 4) quizá lo más importante y aplicable será la definición de la asociación de estos marcadores con caracteres cuantitativos importantes a nivel de producción. La identificación de marcadores moleculares en Litopenaeus vannamei es un primer paso en la aplicación de la biotecnología molecular en programas de mejoramiento genético.

Marco teórico

Generalidades de la camaronicultura en Honduras

La camaronicultura se inició en Honduras en 1973 y creció rápidamente especialmente a finales de los años ‘80. Los camaronicultores hondureños se encuentran representados a través de la Asociación Nacional de Acuicultores de Honduras (ANDAH), fundada en 1986 con el patrocinio de la Federación de Agroexportadores de Honduras (FPX).

Al igual que la mayoría de los países productores de camarón cultivado en el Hemisferio Occidental, la especie de camarón preferido en Honduras es el camarón blanco del Pacífico (Penaeus vannamei), el cual constituye aproximadamente 80% del total, el otro 20% corresponde al camarón azul (Penaeus stylirostris). (Programa Desarrollo Económico Sostenible en Centroamérica (DESCA), 2010)

Las actividades de pesca se desarrollan principalmente entre julio y febrero; y las especies que se extraen incluyen cuatro tipos de camarones peneidos: el Rosado (Penaeus dourarum), el Café Norteño (Penaeus aztecus), el Blanco Sureño (Penaeus schmitti) y el Blanco Norteño (Penaeus setiferus), y numerosas especies de camarones pequeños de reducido valor comercial (Metapenaeus, Xiphopenaeus). Antes del establecimiento de las fincas camaroneras en el Golfo de Fonseca la producción incluía una participación importante del camarón Blanco del Pacífico (Penaeus Vannamei), pero en la actualidad casi la totalidad de esta especie se recolecta en estado de post larva para su posterior engorde en fincas. (Lawrence Pratt, 1997)

Honduras tiene una industria constituida por 252 proyectos de camarón cultivado entre artesanales, pequeños y medianos productores, así como empresas de mayor extensión, con un área de espejo de agua de 18,500 hectáreas de las cuales 16,500 se encuentran en producción. Estas unidades productivas generan un promedio anual de 48 millones de libras exportables y 27,000 empleos directos e indirectos de los cuales un 40% son mano de obra femenina, beneficiando alrededor de 170,000 personas. (Lebelon, 2008)

La industria ha tenido que ir implementando innovaciones tecnológicas y mejoramiento en el manejo de los cultivos de camarón, observándose una lenta recuperación en sus producciones y en la productividad. (FAO, 2000)

Generalidades biológicas de los camarones

Dentro de la clase crustácea se incluyen a los camarones peneidos, organismos mandibulados con apéndices birrameos articulados, con dos partes de antenas y caparazón. El ciclo de vida de un camarón peneido se puede dividir en 6 fases: embrionaria, larval, juvenil, adolecente, pre-adulta y adulta. La fase larval y juvenil son principalmente esturinas. En la fase adolecente los caracteres sexuales ya son distinguibles y el animal migra hacia el mar, en la fase adulta tiene hábitos completamente oceánicos. Las diferencias morfológicas de cada fase o estadio se manifiestan en sus hábitos ecológicos y finalmente en su distribución. (Rodriguez)

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