La diversidad de los microorganismos de la tierra sigue siendo poco entendimiento destacado.

La diversidad de los microorganismos de la tierra sigue siendo poco entendimiento destacado, aunque se estima que 1,5 millones de especies de bacterias y hongos tener funciones vitales como descomponedores, simbiontes y patógenos en ecosistemas [1] . Hasta la fecha, sólo el 5% de la cantidad estimada de bacterias especies ha sido documentada. En los últimos años, los estudios de metagenómica han mejorado nuestra comprensión de la diversidad de los microbios en la variabilidad hábitats graves. Esto incluye los microbios asociados con las plantas, los cuales prosperar bajo tierra en la rizosfera, anteriormente en la filosfera [2] y dentro de los tejidos de las plantas como endófitos [3,4] . estos microbios puede tener efectos beneficiosos, neutros o perjudiciales en la planta. Los asociación entre microbiota y las plantas es importante, ya que conduce a la comprensión de los microbios y "¿Qué hacen y cómo se responder a los cambios ambientales e interactuar con los demás? " Estos podrían contribuir más a la comprensión de los papeles significativos planta de la microbiota en el apoyo del crecimiento vegetal y la mejora de rendimiento de los cultivos. Genómica análisis de las cepas individuales o estudios de metagenómica de comunidades microbianas enteras pueden dar una idea de la composición o la diversidad y el potencial fisiológico de endófitos asociados con plantas. Por ejemplo, el estudio de los microbios (endófito) la tejidos de plantas, revela ambos endófitos cultivables y no cultivables que puede ser microbios beneficiosos, posteriormente engranaje hacia su aislamiento y caracterización. También es posible evaluar más a fondo lución revolucio- tendencia de los microbios asociados y cómo están relacionados uno con el otro. También podemos ser capaces de evaluar el estado de su estrecha asociación con endofitos anfitrión y co-evolución en relación con su capacidad de producir compuestos similares a la de su anfitrión [3] . En estudios recientes, los endófitos se han demostrado tener un importante papel en la promoción del crecimiento de plantas y el rendimiento, eliminar los patógenos, ayuda en la re- contaminantes en movimiento, solubilizan fosfato o nitrógeno contribuyen a AS- similation para plantas de [5,6] . Durante la última década, nuestra comprensión de la diversidad microbiana y la función en entornos complejos se ha incrementado significativamente, principalmente como resultado de la introducción de la siguiente generación secuenciación (NGS) [7] . Tanto el análisis basado en la PCR del gen 16S rRNA y estudios de metagenómica escopeta se han utilizado recientemente para caracterizar suelos [8] , océanos [9] , La atmósfera, así como el microbioma humano [10] . Antes de la introducción de NGS, se realizaron estas caracterizaciones a muy alto costo [11] . El uso de la plataforma Illumina para generar conjuntos de datos de un tamaño sin precedentes [12,13] reveló además más información de diversos microbioma pero a un costo mucho menor. La secuenciación de próxima generación de regiones hipervariables de la pequeña

subunidad ribosomal genes de ARN (16S rARN) es útil para análisis de micro bial comunidades en varios hábitats [14] . El uso de alto rendimiento secuenciación corta lectura del amplicón 16S rRNA para la elaboración de perfiles de

omunidades microbianas se ha convertido en una opción cada vez más atractiva por investigadores como el amplicón se compone de la región conservada inter- spersed por regiones variables que facilitan la secuenciación y filogenético clasificación. La pirosecuenciación 454 GS-20 por Roche en 2006 fue de la primera tecnología de secuenciación de alto rendimiento aplicado con éxito para el análisis de la biodiversidad, y la mejora de la tecnología ofrece longitudes de lectura de hasta 1000 pb [15] . La tecnología de Illumina es muy eficaz en la realización de la profundidad secuenciación comparativamente alta de- A pesar de haber leído corta duración y reduce los costos básicos por [9,13,16] . Por lo tanto, esta tecnología se ha utilizado para la secuenciación de amplicón Los genes marcadores de bacterias y hongos para caracterizar comunicación microbiana lazos en la rizosfera y filósfera [17] . En este estudio, Illumina tecnología se aplicó para la secuenciación del ARNr 16S de orientación de la Regiones V3-V4 (amplicones de 150-400 pb) usando cebadores diseñados contra las regiones conservadas que rodean [18] . la bioinformática herramientas proporcionadas por mothur tubería se exploraron para procesar datos en bruto lee y analizar las comunidades microbiota. El trabajo previo hecho

...