ALINEAMIENTO DE NUCLEÓTIDOS

Taller de filogenética molecular

Integrantes: ______________________________________________________________________________

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ALINEAMIENTO DE NUCLEÓTIDOS

1. Abra el programa MEGA>>Align (lado izquierdo)>>Query Databanks (aparece la ventana de NCBI, con la opción de nucleótido activa). Escriba una a la vez cada una de las siguientes accesiones y presione Search, encuentre el link más adecuado y acceda a él. Después presione el botón “Add to Alignment”, debe salir un mensaje de verificación que la secuencia ha sido cargada en MEGA, presione “Ok” cada vez.

Accesiones:

• Gorilla gorilla cytochrome c oxidase subunit II (COII) gene, complete cds

• Pan troglodytes cytochrome c oxidase subunit II (COII) gene, complete cds

• Pongo pygmaeus cytochrome c oxidase subunit II (COII) gene, complete cds

• Saimiri sciureus cytochrome c oxidase subunit II (COII) gene, partial cds

• Homo sapiens cytochrome c oxidase subunit II (COII) gene, complete cds

• Mus musculus cytochrome c oxidase subunit II (Cox2) mRNA, complete cds

2. Cierre esta ventana de adquisición de secuencias y regrese a la ventana de MEGA “Alignment Explorer”, donde están desplegadas todas las secuencias que cargó desde NCBI. Ingrese al menú Edit >>Select all, luego al menú Aligment >> align by ClustalW. Aparece la ventana para ajustar los parámetros de ClustalW. Deje los valores por defecto, accione el botón “Ok”.

3. Edite el alineamiento señalando los sitios de gap opening y borrándolos con la tecla Delete, conserve los gap extension y salve los datos alineados entrando a Data >> Export Aligment >> MEGA format, luego FASTA format y PAUP format, en la ventana Alignment Explorer. y después en Data >> Save session. Use el mismo nombre para todos.

4. En la ventana principal de MEGA 5 diríjase a File >> Open A file/Session, y abra el archivo que creó en el paso anterior con la extensión .meg. Explore la subventana Sequence Data Explorer, (la ventana con las letras T A). Observe que en la parte inferior de su pantalla aparecen los datos solicitados siguientes: Con el cursor indique que desea ver los sitios constantes (C) ¿cuántos sitios hay? ___________. Ahora haga clic en la opción de sitios variables (V) ¿cuántos sitios hay? ___________ Luego en los sitios exclusivos (S) ____________. Después en los sitios polimórficos informativos (Pi), ____________ ¿qué significan los puntos y los guiones en las secuencias alineadas?

5. Calcule la matriz de distancias de Kimura 80 en el submenú de la ventana MEGA llamado Distance >> Compute Pairwise distances, en Model/Method elija Kimura 2-parameter model y presione Compute, guarde los resultados y anéxelos al taller.

6. Abra el submenú de la ventana MEGA llamado Phylogeny >> Construct/test UPGMA Tree. Dentro de la ventana Analysis preferens, en la opción Test of phylogeny elija Bootstrap method (use 2000 corridas) y en Model/Method elija Kimura 2-parameter model y presione Compute. Analice y Guarde este resultado (*.mts). Repita este paso pero en Model/Method elija Jukes-Cantor model, y guardelo.

7. Ahora vuelva a la ventana MEGA y ejecute Phylogeny >> Construct/test Maximum Parsimony Tree (s), en Test of phylogeny elija Bootstrap method.

8. Por último, vuelva a la ventana MEGA y entre en Phylogeny >> Construct/test Neighbor-Joining Tree, dentro de la ventana Analysis preferens, en la opción Test of phylogeny elija Bootstrap method (use 2000 corridas) y presione Compute. Haga lo mismo para Phylogeny >> Construct/test Maximum Likelihood Tree, guarde los árboles y escriba un texto donde los compare con respecto a un árbol morfológico que se presenta a continuación ¿Cuál ha sido el árbol más adecuado? ¿Qué tan congruente es? (350 palabras). Cierre el programa.

Tiempo estima de duración 1 hora.

Conclusión: ______________________________________________________________________________

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