Maquinas De Secuenciación ADN

El desarrollo de máquinas de secuenciación

Después de que Smith et al. (1986) reportaron el uso de la primera máquina automatizada que usaba un detector óptico para obtener la información de secuenciación (la cual pasaba directamente a una computadora). Se empezó a experimentar con otros equipos y variaciones de la técnica de secuenciación con el objetivo de mejorar el rendimiento con estas máquinas.

a) Secuenciadoras basadas en geles tipo “slab”--Estas secuenciadoras usan un gel vertical para separar los fragmentos generados durante la reacción de secuenciación y tienen distintos sistemas de detección para leer el orden de los marcadores fluorescentes. Meldrum (2000) hace una comparación de algunas propiedades de las máquinas comerciales más comunes que salieron en los 1990s:

ABI PRISM 377 _ Esta secuenciadora salió a finales de los 80s. Se basaba en el uso de un carril para detectar cuatro marcadores fluorescentes distintos. Usa una cámara CCD y es capaz de leer hasta

200 bases por muestra por hora. Se pueden cargar hasta 96 muestras en un solo gel y éstos se detectan simultáneamente.

ASTRAL _ Esta máquina usa un láser de Argón para iluminar las muestras lateralmente. Puede detectar más de cuatro marcadores distintos por muestra y es capaz de acomodar hasta 96 muestras por gel. En un experimento típico se pueden obtener 300 bases de secuencia por muestra en un tiempo de 7-8 hrs.

LI-COR Modelo 4200 _ Esta máquina salió en 1997 y tiene un sistema de análisis que detecta una longitud de onda cercana al infrarrojo. Esta máquina es capaz de detectar los productos de 2 reacciones de secuenciación simultáneos y bidireccionales, produciendo 2 veces más información de cada reacción de secuenciación. Tiene 64 carriles y se producen secuencias de hasta 1000 bases de cada extremo del templado con una precisión del 99%.30

Había mucho interés en reducir el tiempo requerido para obtener los datos de secuenciación, dado que esto era uno de los pasos limitantes para completar proyectos de secuenciación. La compañía MJ Research, Inc. introdujo una máquina en 1998 que llamaron el sistema “HUGE”.

Ésta se basaba en el uso de un gel horizontal de poliacrilamida ultradelgado (75 µm); Tenía 96 carriles y podía leer 450 bases por carril en 90 minutos (Meldrum, 2000) . Este aparato se superó en 1999, cuando se introdujo el secuenciador “Clipper”, desarrollado por la compañía

Visible Genetics, Inc. Éste era capaz de secuenciar 400 bases en 30 minutos en un gel de poliacrilamida con un grosor de 50 µm, o 1000 bases en menos de cuatro horas (Yager et al., 1999).

b) Secuenciadoras basadas en electroforesis capilar- El segundo tipo de secuenciadoras automáticas se basaba en un sistema capilar para hacer la separación de los fragmentos de distinto tamaños. Los capilares

...