PROGRAMA DE INGENIERÍA DE BIOPROCESOS Genética y Bioinformática Prácticas

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UNIVERSIDAD AUTÓNOMA DE SAN LUIS POTOSÍ

FACULTAD DE CIENCIAS QUÍMICAS

PROGRAMA DE INGENIERÍA DE BIOPROCESOS

Genética y Bioinformática

Prácticas

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PRÁCTICA 1. Bases de datos en biología molecular

Objetivo:

• Conocer las principales bases de datos de secuencias biológicas  
• Explorar el sitio Web de inicio de los principales centros de información biológica almacenada en Internet: el NCBI, EBI y el DDBJ

Ejercicios:

1. Ingrese a  la página principal del NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov.

En el menú desplegable seleccionar la opción “Nucleotide” e ingrese: 1293613

¿A qué gen corresponde este número de acceso?  U49845

1. 3 genes
2. ¿Cuál es el número de identificación de la proteína?
3. ¿De qué longitud es la secuencia? ¿Está completa? 5028 solo 1 completo
4. ¿A qué organismo pertenece?

Saccharomyces cerevisiae

1. ¿De qué longitud es el espaciador intergénico?

Esta donde termina el primero y empieza el segundo

1. Ingrese como término de búsqueda el nombre:TCP1-beta 

1. ¿En cuántas plantas se ha reportado este gen?

325 plantas

1. ¿Cuantos genes se han reportado en maíz?

6 genes

1. ¿Cuántos transcritos se han reportado?

140

1. Ingrese en el menú desplegable el GI 31652304 y seleccionar la opción “Protein”.

1. ¿De qué tamaño es la proteína?
2. ¿En qué organismo esta reportado?

1. Ingrese a la página del EBI: http://www.ebi.ac.uk/ e ingrese el número de acceso P60174.

Seleccione  la secuencia de proteína correspondiente.

1. ¿A que corresponde el registro?

aminoacidos

1. ¿En qué organismo fue identificada la proteína?

Humano

1. ¿En qué vía metabólica está involucrada esta proteína?

Gluconeogénesis

1. ¿Cuál es el peso molecular de la proteína?

       30 Da

1. ingrese el número de acceso DQ017382 y seleccione la secuencia de nucleótidos correspondiente.

1. ¿Qué tipo de molécula está registrada?

RNA

1. ¿Cuál es la longitud de la secuencia?

8942 pares de bases

1. ¿De qué organismo se obtuvo?

VIH

1. ¿Cuántos genes se encuentran codificados en esta secuencia?

9cds splaising alternativo

1. Ir a la pestaña: Other Feature(s)

1. Ingrese al Banco de Datos de ADN del Japón (DDBJ): http://www.ddbj.nig.ac.jp/. Search Analysis –getentry.  Ingrese el número de acceso AB026488

1. ¿A qué proteína corresponde el registro?
2. ¿De qué longitud es la secuencia?

1. Localice el número de acceso del gen de una mioglobina de pescado

1. Localice la proteína AraC de Myxococcus xanthus

TAREA 1. Bases de datos en biología molecular

Ejercicios: Resuelva los siguientes ejercicios usando la base de datos de su elección.

1. Ingrese el número de acceso P60174.

1. ¿A qué proteína corresponde?

Triosephosphate isomerase

1. ¿Qué reacción cataliza?

D-glyceraldehyde 3-phosphate = glycerone phosphate.

1. Ingrese al registro correspondiente al número de acceso P70753.

1. ¿De qué proteína se trata?

Beta-galactosidase

1. ¿De qué longitud es?

1005 aa

1. Examine el registro con GI 995674.

1. ¿Qué tipo de molécula se secuenció?

Gen (intron)

1. ¿Cuál es su origen?

1. ¿Codifica para alguna proteína?

No

1. Encuentre el número de acceso de una proteína lipocaina (lipocalin). ¿Cuál es la función de esta proteína?

WP_053581231.1

1. ¿Cuantas secuencias correspondientes a genes que codifican para la nitrato reductasa (nitrate reductase) hay descritas en plantas y cuantas en Arabidopsis thaliana?

PRÁCTICA 2. Alineamiento de secuencias (BLAST)

Objetivo:

• Conocer la utilidad y los diferentes tipos de alineamientos que existen, así como conocer las medidas de similitud entre ambas (“e-value” y el Score).
• Conocer las dos herramientas de alineamiento más usadas en bioinformática

Ejercicios:

1. Ingresar a  la página http://www.ebi.ac.uk/. Dentro de la opción de “services” ingresar a “DNA & RNA”.  Buscar la opción “Emboss Tools”. Realizar un alineamiento global usando la opción “Needle” protein.  Introduzca las secuencias en los campos de entrada (Ejercicio 1).

1. ¿Cuál es el % de identidad entre ambas secuencias?
2. ¿Cuál es el % de similitud entre ambas secuencias?
3. Registre el Score y la penalidad por gaps
4. Comparar los resultados obtenidos en el NCBI—BLAST—Needleman-Wunsch Global Sequence Alignment Tool

SECUENCIAS PARA EJERCICIO 1  

>CYB_HUMAN ID   CYB_HUMAN      STANDARD;      PRT;   380 AA.

MTPMRKINPLMKLINHSFIDLPTPSNISAWWNFGSLLGACLILQITTGLFLAMHYSPDAS

TAFSSIAHITRDVNYGWIIRYLHANGASMFFICLFLHIGRGLYYGSFLYSETWNIGIILL

LATMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLLSAIPYIGTDLVQWIWGGYSVDSPTLTRFFT

FHFILPFIIAALATLHLLFLHETGSNNPLGITSHSDKITFHPYYTIKDALGLLLFLLSLM

TLTLFSPDLLGDPDNYTLANPLNTPPHIKPEWYFLFAYTILRSVPNKLGGVLALLLSILI

LAMIPILHMSKQQSMMFRPLSQSLYWLLAADLLILTWIGGQPVSYPFTIIGQVASVLYFT

TILILMPTISLIENKMLKWA

>CYB_DROME ID   CYB_DROME      STANDARD;      PRT;   378 AA.

MNKPLRNSHPLFKIANNALVDLPAPINISSWWNFGSLLGLCLIIQILTGLFLAMHYTADI

NLAFYSVNHICRDVNYGWLLRTLHANGASFFFICIYLHVGRGIYYGSYKFTPTWLIGVII

LFLVMGTAFMGYVLPWGQMSFWVATVITNLLYAIPYLGMDLVQWLWGGFAVDNATLTRFF

TFHFILPFIVLAMTMIHLLFLHQTGSNNPIGLNSNIDKIPFHPYFTFKDIVGFIVMIFIL

ISLVLISPNLLGDPDNFIPATPLVTPAHIQPEWYFLFAYAILRSIPNKLGGVIALVLSIA

ILMILPFYNLSKFRGIQFYPINQVMFWSMLVTVILLTWIGARPVEEPYVLIGQILTVVYFLYYLVNPLITKWWDNLLN

2. Las secuencias del ejercicio 2 corresponden a una región de un mRNA y la otra de la región de DNA correspondiente, realizando un alineamiento global (NCBI o EBI), conteste lo siguiente:

1. ¿Cuántos intrones  hay?
2. ¿Cuál es la longitud en pares de bases del primer intrón?

SECUENCIAS PARA EJERCICIO 2

>ref|NT_033778.2|:12293228-12293796 Drosophila melanogaster chromosome 2R

ATGGAACAGGCGTACAGTACAGCTTCCCGACTGCGTGGGATTTGCGTTTGTGGATTGGCCATTTCGGTGT

ATTCACTGTATGTGAAAATGAAACTAAAGGAGGATGAGAACTATAGGCCAATGTGCGACGTTAACGATAA

TATAAGCTGCTCGCTGGTTTTTAAATCGGGGTAGGTAAGATTATAATATATACAATATAAATTTAATGAA

ATAATTTTCCATCAGCTATGGTGATGGCTTTGGTCTGGGTAACATAACCCAAGTAAATGCTCCCAACGGA

GCCATCGGCTGTGCATTTTATATCCTGTACTTCTTGAGCTGTACGTAAATTTCTTAGTACAAACTAAACT

AAATTTAATAAGCATTTGTTTTCAGCTTTCTTTAATCATCGTTGGCTGTGCCTGGTCCAATTGATAGTAT

GCACTTTGACATTACTTCTCTGCGTTTATCTGGGTTTCCTGCTGATTCTCGTGTTTTACGATTTCTGTTT

GGTATGCGTGACCATCTATTTCATACACACATGGCTCTTTCAGGAAGTCCTAAGGCGATATAGACGCCTT

TATATGTAA

>gi|62471730|ref|NM_001014533.1| Drosophila melanogaster Vitamin-K epoxide reductase CG33544-PA (Vkor) mRNA, complete cds

ATGGAACAGGCGTACAGTACAGCTTCCCGACTGCGTGGGATTTGCGTTTGTGGATTGGCCATTTCGGTGT

ATTCACTGTATGTGAAAATGAAACTAAAGGAGGATGAGAACTATAGGCCAATGTGCGACGTTAACGATAA

TATAAGCTGCTCGCTGGTTTTTAAATCGGGCTATGGTGATGGCTTTGGTCTGGGTAACATAACCCAAGTA

AATGCTCCCAACGGAGCCATCGGCTGTGCATTTTATATCCTGTACTTCTTGAGCTCTTTCTTTAATCATC

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