La capacidad de estabilización de una alfa hélice frente a una hebra extendida

La capacidad de estabilización de una alfa hélice frente a una hebra extendida.

Para poder dar un buen análisis de este tópico, es completamente necesario realizar una definición y una breve explicación de las distintas conformaciónes que se presentan en cuestión, ya desde como se originan cada una de ellas, características y clasificaciónes que tienen para luego dar un análisis de comparación  de estabilidad entre estos tipos específicos de conformación.

Ambos casos, ya sea de hélice o de hebras,  son estructuras secundarias de una proteína. Es decir que la estructura primaria de una secuencia de aminoácidos logra plegarse sobre si misma para obtener una conformación especifica, que le permite los aminoácidos que la conforman, bien definidas y que cumplen con una serie de características únicas en cada uno de sus tipos. Este plegamiento ocurre debido a que secciones del esqueleto que conforma la estructura logra formar interacciones intermoleculares sobre otras secciones de ella misma dando una estabilidad muy importante y una conformación bien definida. La interacción que predomina en la formación de la estructura es la formación de puentes de hidrogeno, lo cuales son formados por la interaccion que se forma entre el Oxigeno del carbono carbonilico de un aminoácido y la Hidrogeno unido al Nitrogeno que conforma un enlace péptido de la estructura primaria.

Pero las interacion de puente hidrogeno es un solo factor que tiene como resultado distintas estructuras secundarias, ya que otro factor importante son los angulos de giro de enlace que presenta cada uno de los enlaces péptidicos, entenderemos como  angulo phi (Φ)  aquel angulo de giro entre el nitrógeno y el carbono alfa y psi (Ψ) aquel angulo formado entre el carbono alfa  y el carbono carbonilo del enlace peptidico. Y dependiendo de los residuos podrán obtener una cierta conformación dependiendo del impedimento estérico, una forma “sencilla” de precedir esto es gracias al grafico de Ramachandra.

Debido a que no todas las estructuras primarias se pliegan de la misma forma, si no que dependiendo de su función y entorno logran dividirse en 3 grupos distintos de conformación las cuales son las Helices, Extendidas y Vueltas.

 Para este tópico solo analizaremos las Helices y formas Extendidas:

 En el caso de las Helices, mas específicamente la Helice alfa ya que es uno de los tipos de hélices que pueden formarse,  esta conformación es la consecuencia de los puentes hidrogenos que se forman entre el oxigeno del carbono carbonilico y el hidrogeno del nitrógeno del enlace péptidico que se encuentra a una distancia de 3.6 residuos de distancia y la presencia de angulos psi y phi negativos. Esta conformación permite que todos los residuos queden al exterior de la hélice mientras que su parte mas hidrofobica al interior.

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