Programa Datamonkey

Objetivo:

Evaluar mediante el método SLAC, a través del programa Datamonkey, un grupo de secuencias nucleotídicas correspondientes al gen CCR5, que presenten selección positiva o selección negativa mediante la estimación de dN y dS en cada codón, donde dN>dS representa selección positiva.

Introducción:

CCR5 es un gen que codifica para una proteína cuyo nombre es igual al del gen, CCR5, ésta es un miembro de la familia de receptores de quimiocinas beta de las proteínas integrales de membrana (1) y juega un papel importante en el reclutamiento leucocitario en sitios de inflamación al unirse a las quimiocinas (9), CCR5 se expresa primordialmente en los linfocitos T, macrófagos, células dendríticas y la microglía. Los ligandos naturales de las quimiocinas que se unen a este receptor son RANTES (RegulateduponActivation, Normal T-cellExpressed, and Secreted) y proteínas inflamatorias del macrófago (MIPS) 1α y 1β (también conocidos como CCL3 y CCL4). En los humanos, la ubicación del gen CCR5 se encuentra en el brazo corto en la posición 21 del cromosoma 3.

En 1984 se planteó que la molécula CD4 es receptor específico para que el virus del VIH entrara a la célula(3,4). En 1986 se demostró que la proteína gp120, de la envoltura viral, se acoplaba al CD4 y ambas moléculas co-precipitaban como un complejo inmune, demostrando así la unión gp120-CD4.

Se ha encontrado que CCR5 está estrechamente relacionado con el virus del VIH-1 M-trópico, esto es debido a que la proteína codificada por éste gen, es el correceptor usado por el virus del VIH para ingresar a la célula a través de gp41 (5,6). También se ha encontrado que cambios en la secuencia nulceotídica o deleciones en la secuencia de CCR5, cambian de forma importante su conformación y función, resultando en proteínas de CCR5 no funcionales y con bajo nivel de expresión en la superficie celular (9), como consecuencia a esto, el virus del VIH no puede reconocer a CCR5 e interactuar con éste, y por tanto no puede ingresar a la célula, confiriendo inmunidad parcial hacia el VIH-1 M-trópico al hospedero.

Teniendo en cuenta lo anteriormente citado, sabemos que cambios en la secuencia de CCR5 afecta directamente no solo en su estructura, sino también en su función como reclutador leucocitario en zonas de inflamación, aquí podemos decir que éstas mutaciones son la entrada a la selección negativa, ya que al afectar la función de la proteína puede resultar en

una mayor susceptibilidad del hospedero ante infecciones a causa de una respuesta inmune no adecuada, dejándolo con una menor probabilidad de sobrevivencia ante el resto de la población, sin embargo, actualmente al contarse con antibióticos y nuevos fármacos, estos individuos no presentan un riesgo tan alto como lo hubiera sido en otra época, ya que gracias a los avances en medicina les

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