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Se le considera el padre de la historiografía (la primera vez que se le cita de esta forma es por Cicerón en su De legibus) por su famosa obra Ἱστορίαι (Historia), literalmente «investigaciones, exploraciones» (de ἵστωρ, «saber, conocer»), escrita probablemente en Turios, una colonia panhelénica situada en la Magna Grecia. El terminus post quem de la obra se sitúa en el año 430 a. C.

Historiae o Los nueve libros de historia es considerada una fuente importantísima por los historiadores por ser la primera descripción del mundo antiguo a gran escala y de las primeras en prosa griega. El primer párrafo anuncia:

Ἡροδότου Ἁλικαρνησσέος ἱστορίης ἀπόδεξις ἥδε, ὡς μήτε τὰ γενόμενα ἐξ ἀνθρώπων τῷ χρόνῳ ἐξίτηλα γένηται, μήτε ἔργα μεγάλα τε καὶ θωμαστά, τὰ μὲν Ἕλλησι τὰ δὲ βαρβάροισι ἀποδεχθέντα, ἀκλεᾶ γένηται, τά τε ἄλλα καὶ δι' ἣν αἰτίην ἐπολέμησαν ἀλλήλοισι.

Heródoto de Halicarnaso presenta aquí los resultados de su investigación para que el tiempo no abata el recuerdo de las acciones humanas y que las grandes empresas acometidas, ya sea por los griegos, ya por los bárbaros, no caigan en olvido; da también razón del conflicto que enfrentó a estos dos pueblos.

El conjunto fue dividido en nueve libros por su editor alejandrino en el siglo III o el II a. C., uno por cada musa: (Clío, Euterpe, Talía, Melpómene, Terpsícore, Erato, Polimnia, Urania y Calíope).

En ellos narra con precisión las Guerras Médicas entre Grecia y Persia a principios del s. V a. C., con especial énfasis en aspectos curiosos de los pueblos y personajes de unos y otros, al tiempo que describe la historia, etnografía y geografía de su tiempo.

Para sus obras históricas recurrió a fuentes orales y escritas. Cuando menciona las primeras, casi siempre alude a sus informadores de forma indefinida ("según los persas...", "a decir de los griegos..."; "unos dicen... otros, en cambio, sostienen..."). Del carácter parcial y poco fiable de sus fuentes era consciente el propio autor, que escribió:

«me veo en el deber de referir lo que se me cuenta, pero no a creérmelo todo a rajatabla; Esta afirmación es aplicable a la totalidad de mi obra» (VII, 151, 3).

Entre las segundas pueden hacerse tres grandes grupos: a) datos obtenidos de los poetas, que conocía bien; b) inscripciones, listas oficiales y administrativas de los distintos Estados y oráculos y, finalmente, c) informaciones de los logógrafos y la literatura de su época.

Entre los poetas cita a Homero, Museo, Bacis, Olén, Aristeas, Arquíloco, Esopo, Solón, Alceo, Safo, Laso, Simónides de Ceos, Frínico, Esquilo, Píndaro y Anacreonte.

Pese a esta inspiración poética de Heródoto, influjo quizás de su tío Paniasis, del que asume la idea de un hombre impotente ante una divinidad que castiga sus faltas

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