Borrador Proyecto Informatica

Introducción

Los sitios hipersensitivos DNasel (DHSs) son marcadores de la regulación del DNA y se han sustentado en el descubrimiento de todas las clases de los elementos cis reguladores, incluyendo los enhancers, promotores, elementos aisladores, silenciadores y regiones del control del locus. Se identificó 2.9 millones de DHSs que abarcan virtualmente todo el conocimiento experimental que esté validado de las secuencias cis reguladoras y expone un gran hallazgo de nuevos elementos, la mayoría con una alta regulación en la selección de células. Hay que tener en cuenta que estos elementos usan los datos de ENCODE y esto revela nuevas relaciones entre la accesibilidad de la cromatina, transcripción, metilación del DNA y los patrones reguladores del factor ocupacional. Se han conectado 580000 DHSs distales con su respectivo promotor diana (target promoters), revelando un emparejamiento sistemático de las diferentes clases de los DHSs distales y de los diferentes tipos de promotores específicos. Los patrones de accesibilidad de la cromatina de varias regiones reguladoras se organizan desde docenas a cientos de elementos co-activadores y los patrones sensitivos trans de los DNasel celular de una región determinada pueden predecir la pluripotencialidad y la inmortalidad de las células mostrando una alta tasa de mutación más que las células que están altamente diferenciadas. Esto representa un vínculo inesperado entre la accesibilidad de la cromatina, al potenciador de la la proliferación y a los patrones de variación humanos.

Material y métodos

Para la realización de este proyecto se ha utilizado la información de la página web Genome Browser. Utilizando siempre la última versión de ENCODE. Para el estudio se han utilizado los siguientes genes: Alox5ap, Cad, Egr1, LIF, PLA2G3, RAB9B, RBM27, TNF y ZFP36L1. Dentro de cada gen se ha seleccionado la región que abarca unos 5000 pb anterior al inicio (promotor) del gen, vigilando que dirección tiene cada gen: 5’ 3’ o 3’ 5’. Dentro de Genome Browser se han escogido unos tracks específicos para poder obtener la información requerida. Los tracks seleccionados son:

Mirando en febrero 2009 (19):

- En Mapping: el primero.

- En Genes and Gene Prediction Tracks: última versión de GENCODE.

- En Regulation:

• ENCODE Regulation: los 3 últimos.

• ENC DNase faire: los 3 últimos.

Con estos tracks la pantalla de Genome Browser se nos divide en cinco zonas las cuales hemos clasificado como Gen, DHS1, DHS2, TF y DHSK de arriba abajo. La información que nos interesa es la relacionada con las líneas celulares relacionadas con el hematopoyesis, más concretamente con mieloide: CMK, HL-60, K562, GMs y Jurkat. En cada zona se han seleccionado unos datos específicos que son:

-DHS1 y DHS2: Dentro de cada casilla apuntamos su posición y score. Observamos

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