Proteína de electroforesis en geles de agarosa

La poliacrilamida es uno de los geles utilizados con más frecuencia para realizar técnicas de electroforesis, las cuales tienen como objetivo realizar un análisis y/o separación por carga y tamaño molecular de los fragmentos de aminoácidos o nucleótidos que componen muestras escogidas de proteínas o ácidos nucleicos como el ADN o el ARN respectivamente.1

La acrilamida es un compuesto orgánico de tipo amida.

Es blanca, inodora y cristalina, soluble en agua, etanol, éter y cloroformo. Se emplea en la fabricación de papel, extracción de metales, industria textil, obtención de colorante y en la síntesis de poliacrilamidas.

Electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE) se ha convertido en una técnica popular para separar las proteínas y ácidos nucleicos a causa de su "alta resolución, facilidad de uso, y flexibilidad. PAGE se puede realizar utilizando las proteínas nativas (no desnaturalizado) o desnaturalizado. PAGE sodio dodecil sulfato o SDS-PAGE se utiliza ampliamente como un sistema para separar las proteínas desnaturalizadas. Aunque hay muchas variaciones en las formulaciones para geles de poliacrilamida, la química básica se ha mantenido constante en el tiempo. Al comprender los conceptos básicos de la formación de gel de poliacrilamida, se puede ajustar las condiciones para optimizar mejor un sistema dado o protocolo.

Proteína de electroforesis en geles de agarosa

La electroforesis de proteínas en geles de agarosa es un enfoque alternativa al uso de geles de poliacrilamida y proporciona varias ventajas. Los geles se pueden ejecutar con un sistema vertical o un sistema horizontal y diferencia de los geles de poliacrilamida, geles de agarosa se puede utilizar eficazmente para separar las proteínas más grandes de 600.000 kDa.

Ventajas

• Separe alto peso molecular (> 600.000 proteínas kDa)

• Fácil de preparar y manejar

• La recuperación eficiente de las proteínas

• Las proteínas extirpados se puede utilizar para inmunizar a los animales directamente para la producción de anticuerpos

• No es tóxico

Ácidos nucleicos

En los ácidos nucleicos la dirección de migración es del electrodo negativo al positivo, y esto es debido a la carga negativa presente en el esqueleto azúcar-fosfato. En los fragmentos de ADN dobles (con estructura de doble hélice) la velocidad de migración es inversamente proporcional a su tamaño. En fragmentos simples de ADN y ARN (una sola cadena), dichas moléculas tienden a plegarse de forma compleja y a migrar de forma más complicada, según la estructura terciaria formada tras el plegamiento. Sin embargo, compuestos que puedan romper los enlaces de puente de hidrógeno, como el hidróxido de sodio o la formamida, son empleados para 'desplegar' las moléculas plegadas y permitir que la velocidad de migración dependa únicamente y exclusivamente del tamaño y no de la estructura formada tras el plegamiento.

Proteínas

Las proteínas no tienen una estructura predecible como los ácidos nucleicos, y por tanto sus velocidades de migración no son similares entre las proteínas. Incluso puede que no migren ni al aplicar una fuerza electromotriz (al encontrarse en su punto isoeléctrico). En estos casos, las proteínas se desnaturalizan mediante la adición de un detergente como el dodecilsulfato sódico/dodecilfosfato sódico (SDS/SDP) y un agente reductor como el 2-mercaptoetanol. Los detergentes otorgan una carga neta negativa a la proteína que les permite migrar a través del gel de poliacrilamida en relación directa a su masa, ya que la cantidad de cargas negativas que se unen a la proteína depende del tamaño de ésta, existiendo una relación carga/masa similar. Por otro lado, el agente reductor rompe los enlaces disulfuros, separando a la

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