MÉCANICA MOLECULAR
Enviado por Ariel Merla • 6 de Febrero de 2016 • Apuntes • 703 Palabras (3 Páginas) • 421 Visitas
INTRODUCCIÓN
Estudiando sistemas biológicos…
Diversos enfoques. Todos se complementan. Observación en campo. Diferentes grados de profundidad. (Perspectiva a nivel molecular).
A nivel atomístico. Apoyar una buena hipótesis.
Idea general del modelado molecular. Falta mayor resolución.
¿Qué es el modulo molecular?
Conceptos teóricos y métodos computacionales o códigos fuente para configurar un experimento que permiten estudiar la evolución y el comportamiento de un sistema biomolecular.
¿Cuándo implementar modelado molecular?
- Experimentos son peligrosos o de gran costo
- Resolución insuficiente de técnicas analíticas
- Planificación t diseño de experimentos
- Modelos explicativos inaccesibles
Proceso de Modelado
Teoría – Interpretación—Hipótesis—Modelo de Simulación
Aplicación: Diseño de fármacos, Proteómica.
MÓDULO 1: MÉCANICA MOLECULAR
Obtener estructuras realistas como punto de partida para la comprensión de moléculas más complejas.
Las moléculas poseen energía de enlaces, así como energía térmica. En la naturaleza, los sistemas tienden a minimizar la energía. La mecánica molecular busca calcular la energía estérica, debida únicamente a la conformación molecular.
Átomo: Configuración básica de energía cinética dependiente de las interacciones y repulsiones del núcleo y electrón.
Energía: Capacidad generada para realizar un trabajo.
Energía estérica: Contenido energético dependiente de la conformación y mecánica de la molécula.
Topología: Define las interacciones átomo-átomo.
Configuración electrónica de Van der Waals.
GEOMETRÍA MOLECULAR
Las representaciones de Lewis se limitan a la descripción topológica, no muestran la forma.
Fuerzas Repulsión-Atracción
Las atracciones núcleo-electrón tienden a maximizarse
Energía estérica: Energía vs Distancia interatómica.
Geometría de grupos electrónicos
Solo considera los grupos de electrones, no toma en cuenta los electrones libres en el átomo central, solamente de los electrones orbitales o en atracción.
Pares Libres | No. de grupos electrónicos | Geometría | Angulo de enlace en equilibrio | No. de coordinación | No. estérico |
1 | 2 | Lineal | 180 | 2 | 2 |
0 | 3 | Trigonal-plano | 120 | 3 | 3 |
0 | 4 | Tetraédrica | 109.5 | 4 | 4 |
0 | 5 | 90-120 | 5 | 5 | |
0 | 6 | Octaédrica | 90 | 5 | 5 |
1 | 3 | Doblada trigonal-plana | -120 | 2 | 3 |
1 | 4 | Trigonal-piramidal | 109.5 | 3 | 4 |
2 | 5 | Trigonal bipiramidal forma de T | 90 | 3 | 5 |
Cálculo de energía de sistemas que representan perturbaciones al equilibrio.
...