El sistema de búsqueda PubMed

PubMed es un motor de búsqueda de libre acceso a la base de datos MEDLINE de citaciones y resúmenes de artículos de investigación biomédica. Ofrecido por laBiblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos como parte de Entrez. MEDLINE tiene alrededor de 4800 revistas publicadas en Estados Unidos y en más de 70 países de todo el mundo desde 1966 hasta la actualidad.

Incluye más de 23 millones de citas de literatura biomédica de MEDLINE, revistas de ciencias de la vida, y los libros en línea, las citas pueden incluir vínculos a contenidos de texto completo de pubmed central y sitios web de editores.

El sistema de búsqueda PubMed ha sido desarrollado por la National Center for Biotechnology Information (NCBI) en la National Library of Medicine (NLM) de Estados Unidos. PubMed permite el acceso a las bases de datos compiladas por la NLM, como son MEDLINE, PreMEDLINE (compuesta por citas enviadas por los editores), Genbak y Complete Genoma.

En el caso de MEDLINE, esta contiene varias bases de datos como lo son: AIDS, Bioéticas, Cancer, Core Clinical Journal, Dental Journals, Nurses Journals, PubMed Central, entre otras. Se puede considerar a Medline como la base de datos más importante de la NLM, que abarca los campos de la medicina, enfermería, odontología, veterinaria, salud pública y ciencia preclínicas. Sus contenidos van desde mediados de los 60’ hasta hoy.

PubMed incluye, además, links a numerosos sitios que entregan artículos a texto completo.

Otras opciones disponibles en PubMed son las siguientes: Nucleotide (Secuencias de ADN); Protein (secuencias de aminoácido); Genome (citas y graficos del genoma); Structure (estructuras moleculares en tres dimenciones); PM o PubMed Central (archivos digitales a texto completo gratuitos); Taxonomy (base de datos con los nombres de todos los organismos representados en las bases de datos genéticas) OMIN (base de datos de genes humanos); Books (colección de libros a texto completo).

Sus programas abarcan desde la salud de los consumidores de información, la literatura médica, datos genéticos -en apoyo al Proyecto del Genoma Humano-. Y sus colecciones son las más grandes del mundo, desde manuscritos del siglo XI, hasta las revistas electrónicas de nuestros días.

PubMed dispone de varias modalidades de búsqueda. En la pantalla de inicio podemos buscar por términos, frases, autores etc. Los limitadores (limits), permiten acotar la búsqueda por tipo de documentos, idiomas, edad, etc. La opción de índices (Index) visualiza los términos presentes en los diferentes índices: descriptor (MeSH), autor, palabra del título o resumen, revista etc. También podemos optar por consultar directamente el descriptor pulsando en el menú MeSH Browser¸ consultar una revista en Journal Browser. Resulta de gran utilidad para las búsquedas de información clínica el filtro metodológico CLINICAL QUERIES, elaborado con una metodología de la MBE, poniendo el énfasis en la terapia, diagnóstico, etiología o pronóstico

¿Cómo accedo a PubMed?

La dirección de la página de inicio de PubMed es:

http://www.pubmed.gov o

http://www.pubmed.com

¿Cómo iniciar una búsqueda en PubMed?

Para iniciar la búsqueda en PubMed, introduzca los términos en el formulario de búsqueda y pulse el botón Go o la tecla Enter. Si el término está compuesto por más de una palabra (ej. HIV Seropositivy), PubMed automáticamente combina mediante el operador lógico (AND) los términos introducidos utilizando el sistema de mapeo automático de términos (véase al final del documento "Mapeo automático de términos"). Por el contrario, si lo que deseamos es buscar una frase, debemos escribirla entre comillas (ej. "rheumatic diseases").

Podemos modificar nuestra estrategia de búsqueda añadiendo o eliminando términos en el formulario de búsqueda, combinar términos mediante los operadores lógicos o booleanos (AND, OR, NOT) y truncar términos.

¿Cómo utilizar los Operadores booleanos?

Nos van a permitir combinar (AND), sumar (OR) o excluir (NOT) términos.

• Intersección (AND) - recupera solo aquellas citas que contengan los términos.

Ej.: "rheumatic diseases" AND pregnancy

• Unión (OR) - recupera citas que contengan los dos términos, o al menos uno de ellos

Ej.: fever OR hyperthermia

• Exclusión (NOT) - excluye las citas que contengan el término

Ej.: Hypertension NOT pulmonary

Los operadores booloeanos AND, OR, NOT deben escribirse en mayúscula, ej. fever OR hyperthermia.

¿Cómo truncar un término?

El truncado permite recuperar todos los términos que poseen la misma raíz. Si colocamos un asterisco (*) al final de un término de búsqueda, PubMed busca en todas aquellas palabras que tengan la misma cadena de letras como raíz. Así, si escribimos neurol* se incluye en la búsqueda los términos neurology; neuroleptic; neurolekin; neurologic etc. PubMed usa las primeras variantes del término truncado. No localiza frases, por ejemplo "infection*" incluye "infections", pero no "infection control." El truncado anula el mapeo automático de términos.

Reglas y sintaxis para la búsqueda

PubMed procesa los operadores booleanos de izquierda a derecha. Esto se puede cambiar utilizando paréntesis ej. Pulmonary tuberculosis AND (drug therapy OR drug resistance). Si deseamos limitar el término a un campo específico, debemos escribir el término seguido de la abreviatura del campo entre corchetes (véase tabla de calificadores de campos).

Ejemplos de Búsquedas Booleanas:

• Citas que contengan a Perlman como autor, que trate de tuberculosis y publicado en 1999:

Tuberculosis, pulmonary [mh] AND perlman [au] AND 1999 [dp]

• Artículos que traten de la fiebre o hipertermia en la tuberculosis pulmonar:

Tuberculosis, pulmonary [mh] AND (hyperthermia OR fever)

• Artículos de revisiones en inglés que traten sobre la terapéutica del asma en niños preescolares:

asthma/therapy [mh] AND review [pt] AND child, preschool [mh] AND english [la]

¿ Cómo utilizar los calificadores de campos?

Escriba el calificador o etiqueta después del término, ej.: mycobacterium bovis[mh].

Las etiquetas deben escribirse entre corchetes: [au], [mh], [pt], etc.

Tanto los términos de búsqueda como los calificadores de campo, no importa si se escriben en mayúscula o minúscula ni el espacio ej.: cysticercosis [mh] = Cysticercosis[mh] = CYSTICERCOSIS [MH]

Tabla con el nombre de cada campo y su abreviatura:

Nombre del campo Abreviatura Descripción

Affiliation - Dirección [AD, AFFL] Dirección y afiliación institucional del primer autor y número de ayuda económica.

All Fields - Todos los campos [ALL] Incluye todos los campos de búsqueda de PubMed.

Author Name - Autores [AU, AUTH] Hasta 25 autores son incluidos. MEDLINE no muestra el nombre completo. El formato para buscar un autor es Apellido, seguido de espacio y la/s primeras iniciales sin puntos (ej., Fauci AS). Se pueden omitir las iniciales al buscar.

E.C./RN [RN, ECNO] Número asignado por la Comisión de Enzimas (E.C.). Número para designar una enzima en particular y el listado RN del Chemical Abstracts Service (CAS) Registry Numbers.

Entrez Date -Fecha de ingreso [EDAT] Contiene la fecha que la cita fue agregada a PubMed, en el formato aaaa/mm/dd [edat], ej., 1998/01/10 [edat].

Issue - Edición [IP, ISSUE] El número de edición de la revista en la cual el artículo es publicado.

Journal Name - Nombre de la publicación [TA, JOUR] La abreviatura del título de la revista, el título completo o el número ISSN (ej., J Biol Chem, Journal of Biological Chemistry, 0021-9258).

Language - Idioma [LA, LANG] El idioma en el cual el artículo fue publicado.

MeSH Major Topic - MeSH tópico principal [MAJR] Un término MeSH que es uno de los temas principales tratados en el artículo.

MeSH Terms - Términos MeSH [MH,MESH] El vocabulario controlado de la NLM’s (Medical Subject Headings) sobre términos biomédicos que se usan para describir cada artículo de una revista científica en MEDLINE.

Page - Página [PG, PAGE] El número de la primera hoja del artículo en la revista en que aparece.

Personal Name - Nombre personal [PS] Use para buscar citas sobre un individuo como tema. Utilice las reglas como para buscar un autor.

Publication Date - Fecha de publicación [DP, PDAT] La fecha en que el artículo fue publicado en el formato aaaa/mm/dd (ej. 1984/10/06). Un año con solo un mes (ej., 1984/03) mostrará todo lo de ese mes. Las fechas de publicación no están estandarizadas entre las publicaciones.

Publication Type - Tipo de publicación [PT, PTYP] Describe el tipo de material que el artículo representa (ej., Review, Clinical Trials, Retracted Publications, Letters).

Subheading - Subencabezado [SH] Use subencabezados para calificar en forma más específica la búsqueda en términos MeSH.

Subset - Subgrupos [SB] Permite elegir sobre que componente de la base de datos queremos buscar: medline, premedline, publisher o aids.

Substance Name - Nombre de substancia [NM, SUBS] El nombre de una substancia química tratada en el artículo (MEDLINE Name of Substance field).

Text Words - Palabras del texto [TW, WORD] Todas las palabras de los campos dl título, resumen, términos MeSH, subencabezados, nombres de substancias químicas, nombre de persona como tema y campos de identificación secundaria.

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