SARS-CoV-2 RBD and llama single-domain antibody S4

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Tecnológico Nacional de México Campus Tuxtla Gutiérrez

BIOQUIMICA

Profesora:

Peggy Elizabeth Álvarez Gutiérrez

Proteína:

8ZRD

Alumno:

Jorge David Montejo Arcos

BIOQUIMICA

Profesora:

Peggy Elizabeth Álvarez Gutiérrez

05 de septiembre del 2025

Nombre de la proteína en inglés:

SARS-CoV-2 RBD and llama single-domain antibody S4

Código de PDB:

8ZRD

Numero de aminoácidos:

302aa

Estructura compuesta de la proteína:

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FIGURA 1. Representación estructural de la DEOXY HUMAN HEMOGLOBIN (PDB ID: 1A3N) mostrando la organización cuaternaria de la proteína y la ubicación de los grupos hemo responsables de la unión de oxigeno

Estructura primaria:

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Figura 2. Estructura primaria de la cadena  SARS-CoV-2 RBD and llama single-domain antibody S4 (PDB ID: 8ZRD). Se muestra la secuencia lineal de los aminoácidos que determinan su conformación y función biológica.

La estructura primaria de la proteína con código PDB:8ZRD corresponde a la secuencia lineal de aminoácidos que conforman el dominio de unión al receptor (RBD) de la proteína Spike del SARS-CoV-2 y la región variable del nanocuerpo de llama NbS4. Esta secuencia se organiza mediante enlaces peptídicos que unen los residuos de forma continua, definiendo la base química de la proteína antes de cualquier plegamiento. Cada aminoácido aporta propiedades específicas como carga, polaridad e hidrofobicidad, que luego determinarán el plegamiento tridimensional. La información de la estructura primaria es esencial porque dicta cómo la proteína adquirirá su forma y función.

Estructura secundaria:

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Figura 3. Estructura secundaria de la SARS-CoV-2 RBD and llama single-domain antibody S4(8ZRD) cuenta con  Alfa hélices representada en forma de espiral de color verde  y Beta plegadas representada en forma de flechas de color rosa.

La estructura secundaria de la proteína con código PDB:8ZRD está compuesta principalmente por hojas beta y hélices alfa que se organizan para dar estabilidad al dominio de unión al receptor (RBD) de la proteína Spike del SARS-CoV-2 y al nanocuerpo NbS4. En el RBD predominan hojas beta antiparalelas que forman un núcleo central, acompañadas de bucles flexibles y pequeñas hélices alfa que permiten mantener su superficie de interacción. Por otro lado, el nanocuerpo presenta hojas beta cortas y hélices que sostienen su marco estructural, mientras que los bucles variables conforman las regiones responsables de unirse de forma específica al RBD viral.

Estructura terciaria:

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Figura 4. Estructura terciaria de la SARS-CoV-2 RBD and llama single-domain antibody S4(8ZRD), análisis de fuerzas que interaccionan entre cadenas laterales de la proteína.

La estructura terciaria de la proteína se forma a partir del replegamiento de la estructura secundaria, lo que da lugar a una disposición espacial compacta y cercana a una forma redondeada. Este reacomodo se mantiene gracias a interacciones débiles entre los aminoácidos, principalmente puentes de hidrógeno entre residuos polares, que estabilizan la conformación. En los segmentos más extendidos se observan beta plegadas, mientras que en las zonas de giro o pliegue predominan láminas hélice alfa. La combinación de estas unidades secundarias genera un entramado tridimensional estable, fundamental para la función específica que desempeña la proteína en su entorno biológico.

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