Variantes de SARS-CoV.2

Nomenclaturas y actividad

Tabla de Correspondencias de las Nomenclaturas de SARS-CoV-2nota 1​

Sublinajes de Rambaut et al. Notas (Rambaut et al.)1​ Clados de Nextstrain Clados de GISAID Variantes o mutaciones notables

A.1–A.6 19B S

B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 19A L

Onota 2​

B.2 V

B.1 B.1.5–B.1.72 20A G El linaje B.1 incluye a las variantes con la mutación D614G

B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 GH

B.1.3–B.1.66 20C Incluye 501.V2 alias 20C/501Y.V2 o linaje B.1.351

B.1.1 20B GR Incluye VOC-202012/01 alias 20B/501Y.V1 o linaje B.1.1.7, B.1.1.207 y B.1.1.284

B.1.177 20A.EU12​ GVnota 2​

Si bien hay muchos miles de variantes de SARS-CoV-2,4​ también hay agrupaciones mucho más grandes llamados clados. Se han propuesto varias nomenclaturas para los diferentes clados del SARS-CoV-2, pero no se ha aceptado universalmente ninguna nomenclature para los linajes evolucionarios de SARS-CoV-2,5​ pero a enero de 2021, la OMS está trabajando en un "estándar de nomenclatura para las variantes de [SARS-CoV-2] que no haga referencia la localización geográfica". 6​ .

Si bien hay muchos miles de variantes del SARS-CoV-2,7​ los subtipos del virus pueden ser puestos en agrupaciones mucho más grandes como linajes o clados. Se han propuesto varias nomenclaturas diferentes para estos subtipos.

Hasta diciembre de 2020, GISAID—refiriéndose al SARS-CoV-2 como hCoV-198​— identificó siete clados (O, S, L, V, G, GH y GR). 9​ 10​

También hasta diciembre de 2020, Nextstrain identificó cinco (19A, 19B, 20A, 20B, and 20C). 11​

En un artículo de la edición de noviembre de 2020 de la International Journal of Infectious Diseases, Guan et al. identificaron cinco clados globales (G614, S84, V251, I378 and D392). 12​

Rambaut et al. propusieron que se empleen los linajes para los subtipos de SARS-CoV-2 en un artículo de 2020 en Nature Microbiology;13​ Hasta diciembre de 2020, se han identificado dos linajes raíz (A y B) de los que descienden otros con evidencia filogenética a los que se les asigna un valor numérico (ej. linajes A.1 o B.2), estableciéndose en conjunto cinco linajes principales (A, B, B.1, B.1.1 y B.1.177). 14​ A principios de 2020, B.1 es el linajes gobal predominantemente conocido y ha sido subdividido en más de 70 sublinajes.

Un linaje activo es aquel que se ha documentado en el último mes y uno inactivo es el que no ha sido visto durante más de tres meses.

Nueva nomenclatura de la OMS

A partir del 31 de mayo del 2021 se decide utilizar el alfabeto griego para denominar a las variantes de COVID19, uno de los argumentos es desestigmatizar el vínculo de la variante con el país en donde se descubrió. 15​

Variante de interés y variante preocupante

La aparición de variantes que suponían un mayor riesgo para la salud pública mundial, a finales de 2020, hizo que se empezaran a utilizar las categorías específicas de «variante de interés» (VOI) y «variante preocupante» (VOC), con el fin de priorizar el seguimiento y la investigación a escala mundial y, en última instancia, orientar la respuesta a la pandemia de COVID-19. 16​

Variante de interés

Son consideradas variantes de interés (VOI, por sus siglas en inglés) aquellas que presentan cambios en el genoma que, según se ha demostrado o se prevé, afectan a características del virus como su transmisibilidad, la gravedad de la enfermedad que causa y su capacidad para escapar a la acción del sistema inmunitario, ser detectado por medios diagnósticos o ser atacado por medicamentos; y según se ha comprobado, dan lugar a una transmisión significativa en medio extrahospitalario o causan varios conglomerados de COVID-19 en distintos países, con una prevalencia relativa creciente y ocasionando números cada vez mayores de casos con el tiempo, o bien que presentan, aparentemente, otras características que indiquen que pueden entrañar un nuevo riesgo para la salud pública mundial.

Variante preocupante

Las variantes preocupantes (VOC, por sus siglas en inglés) son aquellas que cumplen con los criterios para ser definidas como variantes de interés, pero que, tras una evaluación comparativa, se ha demostrado que está asociada a uno o más de los siguientes cambios en un grado que resulte significativo para la salud pública mundial:

Aumento de la transmisibilidad o cambio perjudicial en la epidemiología de la COVID-19; o Aumento de la virulencia o cambio en la presentación clínica de la enfermedad; o Disminución de la eficacia de las medidas sociales y de salud pública o de los medios de diagnóstico, las vacunas y los tratamientos disponibles.

Variantes notables

501.V2

Artículo principal: 501.V2

La variante 501.V2, también conocida como linaje 501Y.V2,17​ 20C/501Y.V2 ó B.1.351, fue detectada por primera vez en Sudáfrica y notificada por el Departamento de Salud de Sudáfrica el 18 de diciembre de 2020. 18​ Los investigadores y funcionarios informaron que la prevalencia de la variante era mayor entre los jóvenes sin condiciones de salud subyacentes y, en comparación con otras variantes, conlleva de manera más frecuente a enfermedad grave en esos casos. 19​20​ El Departamento de Salud de dicho país también puntualizó que la variante puede estar impulsando la segunda ola de la pandemia de COVID-19 en el país debido a que se propaga a un ritmo más rápido que otras variantes anteriores del virus. 18​19​

Los científicos observaron que la variante posee varias mutaciones que le permiten unirse más fácilmente a las células humanas debido a las siguientes tres mutaciones en el dominio de unión al receptor (RBD) en la glicoproteína de la espícula viral (spike): N501Y,18​21​ K417N y E484K. 22​23​ También se ha detectado la mutación N501Y en el Reino Unido. 18​24​

Clúster 5

Artículo principal: Cluster 5

El Cluster 5, también denominado ΔFVI-spike por el Instituto Serológico Estatal Danés (SSI),25​ fue descubierto en el norte de Jutlandia en Dinamarca y se cree que se transmitió de visones a humanos a través de granjas de visones. El 4 de noviembre de 2020, se anunció que la población de visones en Dinamarca sería sacrificada para prevenir la posible propagación de esta mutación y reducir el riesgo de que ocurran nuevas mutaciones. Se implementaron restricciones de viaje y cuarentena en siete municipios del norte de Jutlandia para prevenir la posible propagación de esta mutación, lo que pudo haber comprometido las respuestas nacionales o internacionales a la pandemia de COVID-19. Para el 5 de noviembre de 2020, se habían detectado unos 214 casos humanos relacionados con el visón. 26​

La Organización Mundial de la Salud (OMS) ha indicado que el clúster 5 posee una "sensibilidad moderadamente disminuida a los anticuerpos neutralizantes". 27​ El SSI advirtió que la mutación podría reducir el efecto de las vacunas COVID-19 en desarrollo, aunque era muy poco probable que las vuelva ineficaces. En consecuencia a la cuarentena y la aplicación de pruebas masivas, el SSI anunció el 19 de noviembre de 2020 que era muy probable que el Cluster 5 se hubiera extinguido por completo. 28​

Linaje B.1.1.207

La secuenciación realizada por el Centro Africano de Excelencia para la Genómica de Enfermedades Infecciosas en Nigeria descubrió una variante con la mutación P681H, compartida en común con VOC-202012/01. Secuenciada por primera vez en agosto de 2020,29​ las implicaciones para la transmisión y la virulencia no están claras, pero ha sido catalogada como una variante emergente por los Centros para el Control de Enfermedades de EE. UU. 30​ No comparte otras mutaciones con VOC-202012/01 y para finales de diciembre de 2020, esta variante representó alrededor del 1% de los genomas virales secuenciados en Nigeria, aunque esto puede aumentar. 29​

Variante de Preocupación 202012/01

Artículo principal: VUI-202012/01

La VUI-202012/01|Variante de Preocupación 202012/01 (VOC-202012/01),31​ previamente conocida como la primera Variante En Investigación en Diciembre de 2020 (VUI – 202012/01)32​ y también como linaje B.1.1.7 ó 20B/501Y.V1,1​17​33​ y comúnmente como Variante británica ,se detectó por primera vez en octubre de 2020 durante la pandemia de COVID-19 en el Reino Unido a partir de una muestra tomada el mes anterior. 34​ Desde ese entonces, sus odds de prevalencia se han duplicado cada 6.5 días, el presunto intervalo generacional —tiempo mínimo para generar descendencia—. 35​36​ Este se correlaciona con un aumento significativo en la tasa de infección por COVID-19 en el Reino Unido, asociado en parte con la mutación N501Y.

Linaje B.1.1.248

Artículo principal: B.1.1.248

El linaje B.1.1.248, o variante P137​ o brasileña,38​ fue detectado en Tokio el 6 de enero de 2021 por el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (NIID) y se encontró en cuatro personas que llegaron a Tokio tras viajar desde el estado de Amazonas el 2 de enero de 2021. 39​ La Fundación Oswaldo Cruz —una institución estatal brasileña—, ha confirmado la suposición de que la variante estaba circulando en la selva amazónica.

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