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La historia de la Biología evolutiva del Desarrollo se remonta a la tradición analógica que, ya en Grecia, estableció un paralelismo entre el desarrollo ontogenético y la organización de los seres vivos. La vinculación entre evolución y desarrollo se origina a partir de la Embriología comparada del siglo XIX, con los trabajos de Étienne Geoffroy St.-Hilaire, Johann Friedrich Meckel (Panchen, 2001) y especialmente con los de Karl Ernst von Baer y Ernst Haeckel, cuyas leyes fueron una generalización del modo en que evoluciona el desarrollo, independientemente del taxón en cuestión (Arthur, 2002). Posterior a este periodo, el estudio e interés por los procesos del desarrollo y su importancia en la evolución permaneció quiescente cerca de un siglo, debido al surgimiento del Neodarwinismo, cuyo principal interés fue la genética de poblaciones.

La situación comenzó a cambiar temprano en la década de los ochenta con el descubrimiento de los genes Homeóticos o Genes Hox, los cuales estaban involucrados en el control de la expresión de otros grupos de genes durante el proceso de desarrollo embrionario y en la organización de los diferentes segmentos del cuerpo (control de la diferenciación del eje antero-posterior). Todos estos genes se caracterizan por tener una región conservada de 180pb, llamada Homeobox. Así mismo, los genes Hox están dispuestos en fila, alineados en el mismo orden en que están dispuestas las partes del cuerpo en las que actúan, a esto se denominó colinearidad, pero lo más sorprendente, fue encontrar que los mismos genes homeóticos están presentes en casi todos los animales, desde la mosca hasta el humano (Aranda, 1997; Sampedro, 2002). Uno de los principales enfoques durante los últimos 25 años, ha sido el estudio comparativo de los patrones espaciotemporales de expresión de genes del desarrollo, sin embargo, Evo-Devo comprende mucho más que cambios en los patrones de expresión génica, y durante los últimos años, nuevos conceptos generales han surgido, lo cual ha obligado a que la biología evolutiva del desarrollo incorpore en su cuerpo teórico muchos más elementos (Arthur, 2002). Este amplio rango de campos, ha hecho de la Evo-Devo una rama de la biología bastante integradora, llegando al punto que muchos autores la consideran como la nueva síntesis evolutiva.

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