Ignacio López Rayón, como president

Morelos recibió, al término de su primera campaña, una invitación de Ignacio López Rayón, para organizar un consejo de dirección insurgente, ya que tras la muerte de los primeros líderes, el ejército quedó disperso y sin una cabeza general visible. La propuesta de Rayón consistía en elegir a los miembros de la Suprema Junta Nacional Gubernativa, que habría de gobernar al país en ausencia de Fernando VII. Morelos aceptó la invitación, pero como sus actividades militares le impedían estar presente, nombró como su delegado a Sixto Berdusco, un antiguo compañero suyo de estudios. Puesto que Rayón quedó en manos de la insurgencia tras la muerte de Hidalgo, de quien había sido secretario y ministro en Guadalajara, quedó al frente de las tropas insurgentes en Saltillo. De ahí llegó a Zitácuaro, donde el 21 de agosto, fue electa la Suprema Junta Nacional Gubernativa, compuesta por los siguientes miembros:

Ignacio López Rayón, como presidente,

José María Liceaga y José Sixto Verduzco, vocales.36

Los primeros actos de la Junta consistieron en designar a Zitácuaro, actual municipio de Michoacán, como capital de la insurgencia, aunque poco después, ante el ataque realista, la Junta se trasladó a Sultepec. Morelos escribió a Rayón que "Estoy resuelto a perder la vida por sostener la autoridad y existencia de la Suprema Junta". Asimismo, Rayón ordenó la publicación de dos periódicos insurgentes, El Ilustrador Nacional y El Ilustrador Americano, ambos dirigidos por José María Cos. En abril de 1812, la Junta redactó los Elementos de Nuestra Constitución, donde se estableció que el pueblo es el único soberano y se consagraron los poderes de la Junta, y la libertad de expresión, libertad de prensa, y el derecho al trabajo. Morelos escribió a la Junta, "Que se le quite la máscara a la independencia, eliminemos la mención del Rey".

Después, Morelos entró en Chilapa, que por entonces era la población más próspera de la región. Entre agosto y noviembre, Morelos estableció su centro de operaciones en Chilapa. Morelos reforzó su relación con los indígenas, pues ´por decreto del 4 de septiembre, se establece lo siguiente:

A todo el mundo le es lícita la apelación, no hay motivo para denegársela a los naturales de este reino. Los indios no deben pagar diezmos ni primicias de los frutos propios de este reino

Sin embargo, hubo un intento de sedición, para impulsar el asesinato masivo de negros hacia blancos. Ordenó a sus tropas ir a la costa, calmó a los sublevados con la frase "sería el yerro mayor que podrían cometer los hombres", los cabecillas fueron llevados a Chilapa, donde se les ejecutó.37

Su relación con la Junta Nacional de Zitácuaro fue respetuosa, ya que Morelos siempre colaboró con los lineamientos establecidos por la Junta, a pesar de las diferencias habidas entre los miembros

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