Secuenciación de nueva generación (NGS) de ADN: presente y futuro en la práctica clínica

Secuenciación de nueva generación (NGS) de ADN: presente y futuro en la práctica clínica

Es un conjunto de tecnologías diseñadas para secuenciar masivamente grandes segmentos de ADN en paralelo, en menos tiempo y con un menor costo por base. Se consideran una táctica muy útil para la prevención, diagnóstico, tratamiento y seguimiento de un amplio espectro de patologías, incluyendo condiciones genéticas, enfermedades crónicas y patologías infecciosas.

Técnicas actuales de mayor uso de secuenciación de nueva generación

Cada técnica NGS comparte la función de secuenciar un gran número de fragmentos de ADN en paralelo en poco tiempo. Para lograr este objetivo, siguen un enfoque metodológico similar:

1) Segmentación del ADN en varios fragmentos

2) Marcaje del ADN mediante cebadores o adaptadores que indican el punto de partida de la replicación

3) amplificación de los fragmentos de ADN

4) secuenciación o lectura de fragmentos de ADN

5) recomposición de secuencia completa con secuencias de referencia y exportación a archivos de almacenamiento de datos.

Aplicación de las tecnologías basadas en secuenciación de nueva generación en la práctica clínica

Secuenciación de panel de genes

Es una prueba de sucesión de un número definido y específico de genes que quedan involucrados con una patología o conjunto de patologías. Su uso se ofrece luego de que se sospeche que la patología genética está causada por una lista de genes candidatos definidos. Tiene una secuenciación más profunda y una interpretación y estudio de resultados más fácil, gracias a las bases de datos de referencia. La desventaja es que la información genética de las poblaciones latinoamericanas está subrepresentada en las bases de datos poblacionales y de patologías concretas, por lo que la interpretación clínica de las versiones encontradas en pacientes con esta ascendencia difícil.

Secuenciación completa de exoma

En esta prueba se secuenció cada área codificante del genoma, es decir, el exoma, que representa entre el 1 y el 2 % de la secuencia del genoma completo y donde se encuentran hasta el 85 % de las versiones genéticas reportadas como patógenas.

útil en pacientes que padecen patologías con una heterogeneidad genética muy grande, como el autismo, o que tienen un fenotipo complejo, donde el cuadro clínico no es suficientemente característico para una variante concreta o para uno o unos genes.

Secuenciación completa de genoma

Esta prueba evalúa cada una de las bases del genoma, incluidas las regiones no codificantes. Su ventaja es que es la mejor prueba para detectar nuevas versiones genéticas y estructurales no asociadas previamente con la enfermedad en estudio. Es extremadamente útil en patologías genéticas raras que no pueden ser diagnosticadas por medios tradicionales.

Conclusiones

NGS es una prueba paraclínica en curso que debe iniciarse desde un enfoque clínico inicial apropiado y desde una perspectiva integral del paciente que incluye los resultados de otras pruebas paraclínicas para un uso razonado, una interpretación adecuada y tomar decisiones acertadas en la práctica médica. Esta tecnología ha permitido facilitar el diagnóstico molecular, al ser una herramienta más eficiente y rápida en la secuenciación de genes, y ha facilitado la identificación y categorización de diversas versiones genéticas junto con sus respectivas sociedades patológicas.

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