BIOINFORMATICA

INTRODUCCION.

La bioinformática se ha convertido en un campo de la ciencia que se está volviendo muy importante debido a que la tecnología ha tenido un gran desarrollo y ha permitido unir la informática con otras ciencias como la biología y la genética. En la realización de la práctica encontramos en uno de los artículos una secuenciación de genomas en donde pudimos observar que esto lleva la necesidad de obtener conclusiones de la lectura de esos millones de pares de bases, saber qué codifican, cómo se relacionan y regulan la expresión de los distintos productos génicos, además de encontrar la función de proteínas desconocidas y de generar modelos que permitan estudiar mutaciones puntuales, pero esto solo lo pudimos llevarlo a cabo con rapidez gracias a la herramienta BLAST, ya que si lo hubiéramos investigado por nuestra cuenta nos habría llevado días o meses realizar esta acción. La rapidez y eficacia de esas conclusiones se ha generado gracias al desarrollo de la Bioinformática.

METODO.

1. Ingresamos al sitio web de la NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2. Ingresamos a Pubmed.

3. Luego realizamos un ejercicio de búsqueda de un tema. Plasmodium honduras. Y pudimos observar algunos artículos relacionados.

4. Realizamos una búsqueda de homologías de secuencias de bases de datos en donde comenzamos por volver a la homepage de NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

5. Buscamos en el cuadro de la izquierda el vínculo Genomes and maps e ingresamos.

6. Luego entramos en el vinculo Genome. Con esta herramienta podemos encontrar los detalles de genomas de eucariotas, procariotas y virus, entre otras.

7. En la barra de búsqueda ingresamos: Eukaryota.

8. Luego buscamos en la lista de eucariotas el protozoo apicomplexa Plasmodium.

9. Vimos que habían muchas entradas para ese género y el primero es sobre el agente causal de la malaria y entramos ahí.

10. Luego entramos en el cromosoma 1.

11. Allí encontramos toda la información de la que se dispone sobre este cromosoma, incluyendo los loci que lo componen y los genes situados dentro de ellos, con sus respectivas secuencias de aminoácidos.

12. Ingresamos en “Download/View sequence/evidence.

13. Luego le dimos click en “Display”.ahi encontramos la secuencia de nucleótidos que componen ese cromosoma.

14. Después realizamos un ejercicio que en ingles se denomina BLAST. En donde introducimos una secuencia de nucleótidos en esta herramienta pudimos hacer una búsqueda que la confronte con todas o algunas de las bases disponibles mundialmente. Para ella salimos de la página en donde nos encontramos y entramos nuevamente a NCBI, allí buscamos en el recuadro derecho la herramienta BLAST.

15. Alli entramos en la herramienta nucleotid blast.

16. Ahí introducimos la secuencia de uno de los primers que utilizo un autor en un artículo.

17. Elegimos others en la database, ya que esta predeterminada para humanos y show results in a new window. Presionamos el botón BLAST.

18. Se abrirá entonces una página que indica que nuestra requisición ha sido recibida y esperamos unos segundos.

19. Luego recibimos los resultados que indican cuales secuencias de cuales organismos son compatibles. Veremos que se nos presentan en el siguiente formato:

20. Cada una de las barras de colores representa una secuencia encontrada en las bases de datos. Si presionamos la primera barra de color azul, observamos una explicitación de ese resultado.

Aquí se informa que de todos los nucleótidos que introdujimos, son exactamente compatibles con un fragmento del gen de la subunidad pequeña ribosomal de plasmodium.

DATOS.

Encuentre

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