Bioinformática

Introducción

La bioinformática es el resultado de los avances tanto en biología molecular como en ciencias computacionales a lo largo de los últimos 30-40 años, todo comenzó en 1953 cuando Watson y Crick propusieron el modelo de la doble hélice para explicar la estructura del ADN, en las décadas siguientes hicieron su aparición herramientas computacionales que hicieron posible el análisis y la resolución de interrogantes que ya estaban planteados en la propia estructura del ADN.

Las herramientas computacionales comenzaron a aplicarse en la biología molecular mucho antes del comienzo de la era de internet o de los proyectos de secuenciación del genoma, en 1960 la creciente cantidad de datos referentes a la química de las proteínas llevo a los científicos a cambiar las estrategias de biología molecular, matemáticas y los computadores, para enfrentar con éxito el desafío que ello representaba. Y en este punto aparece la bioinformática y biología computacional como disciplina íntimamente relacionadas, donde la primera, de acuerdo con la definición de la NCBI ( National Center for Biotechnology Information de los Estados Unidos de America) busca y utiliza patrones y estructura inherente en datos biológicos como secuencias genéticas, así como el desarrollo de nuevas metodologías para acceso y búsquedas en base de datos.

Brown en el año 2000, definió la bioinformática como el uso de computadores para la adquisición, manejo y análisis de la información biológica, de modo que la contextualiza en la intersección de la biología molecular, biología computacional, la medicina clínica, las bases de datos informáticas, el internet y análisis de secuencia.

Unos de los pioneros en México fue el CICESE (Agencia Informativa CONACYT). En una década donde las tecnologías de la información y la biología avanzan a grandes pasos para responder las preguntas más complejas sobre la vida en el planeta, la bioinformática es una disciplina emergente que ha cobrado fuerza entre los investigadores mexicanos, y en la cual el Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada (CICESE) ha producido logros destacados, esta agencia se compone de ingenieros electrónicos, computólogos y matemáticos, abarcan el desarrollo de nuevas herramientas computacionales que permiten profundizar en el conocimiento biológico, particularmente la predicción de las estructuras de las proteínas, para descifrar los misterios detrás de las proteínas y otras moléculas de interés biológico es necesario el análisis de grandes volúmenes de información biológica, que necesitan ser gestionados con técnicas bioinformáticas avanzadas para extraer conocimiento de utilidad que sirva a la investigación biológica y biomédica actual y futura, y a la práctica clínica con los datos obtenidos.

Un pionero de la UANL es la OMIM, es una base de datos que cataloga todas las enfermedades conocidas con un componente genético, y cuando es posible, la asociación a los genes en el genoma humano esta base de datos está libremente disponible y actualizado diariamente. OMIM es redactado y editado en el Instituto McKusick-Nathans de Medicina Genética de la Facultad de Medicina de la Universidad Johns Hopkins, bajo la dirección del Dr. Ada Hamosh.

Metodología

Que es programación

La programación es el proceso de escribir en un lenguaje de programación el código fuente de un software no solo puede ser escribir, sino a analizar, probar, depurar y mantener el código programado. También puede crear programas o software, que luego serán ejecutados por otro programa o directamente por el hardware de una computadora.

Lenguajes de programación

Es un lenguaje que puede ser utilizado para controlar el comportamiento de una máquina, particularmente una computadora. Consiste en un conjunto de reglas sintácticas y semánticas que definen su estructura y el significado de sus elementos, respectivamente.

• Lenguajes compilados: Éstos, como los programas ensambladores avanzados, pueden generar muchas líneas de código de máquina por cada proposición del programa fuente. Se requiere una corrida de compilación antes de procesar los datos de un problema. Los compiladores son aquellos cuya función es traducir un programa escrito en un determinado lenguaje a un idioma que la computadora entienda (lenguaje máquina con código binario).

• Lenguajes interpretados: En vez de traducir el programa fuente y grabar en forma permanente el código objeto que se produce durante la corrida de compilación para utilizarlo en una corrida de producción futura, el programador sólo carga el programa fuente en la computadora junto con los datos que se van a procesar.

Algunos lenguajes de programación:

• ABAP

• ABC

• Ada

• ActionScript

• Afnix

• ALGOL

• FORTRAN

• Gambas

La bioinformática

Es el campo de la ciencia en donde la biología, la informática y la tecnología se fusionan en una sola disciplina. Dentro de bioinformática, existen tres subdisciplinas.

a) El desarrollo de nuevos algoritmos y estadísticas para establecer relaciones entre miembros de grandes grupos de datos.

b) El análisis y al interpretación de varios tipos de datos incluyendo secuencias de nucleótidos y aminoácidos, dominios proteicos y estructuras de proteínas.

c) El desarrollo y la implementación de herramientas que permitan acceso y manejo eficientes de diferentes tipos de información.

Base de datos de origen biológico

Existen

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