Eficiencia de la extracción de ADN total para dos sepas bacterianas de Staphylococcus aureus y Pseudomonas aeruginosa

UNIVERSIDAD NACIONAL DE LA AMAZONÍA PERUANA

FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS[pic 1][pic 2]

ESCUELA DE FORMACIÓN PROFESIONAL DE CIENCIAS BIOLÓGICAS

INFORME DE

PRÁCTICA PRE PROFESIONAL I

Eficiencia de la extracción de ADN total a partir de Staphylococcus aureus y Pseudomonas aeruginosa por el método de choque térmico Iquitos – Perú 2016

AUTOR                : Andy Eliezer Flores De Velasco

ASESOR                : Blgo.  Alvaro Tresierra Ayala Dr.                          

INSTITUCIÓN        : Centro de Investigación de Recursos Naturales de la Amazonía - Unidad Especializada de Biotecnología y Unidad Especializada de Microbiología (CIRNA-UEB).

DURACIÓN        : Dos meses

FECHA DE INICIO    : 1 de febrero del 2016

FECHA DE FIN        : 30 de marzo del 2016

Iquitos – Perú

2016

DEDICATORIA

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AGRADECIMIENTO

Agradezco en primer lugar a Dios porque me da todo en mi vida y como padre  siempre va a querer lo mejor para mí. Agradezco al centro de investigaciones de recursos naturales  de la amazonia (CIRNA) por aceptarme para desarrollar la práctica pre profesional

Al Dr. Alvaro Tesierra Ayala por asesorarme en el  desarrollo de la práctica  y brindarme su tiempo y enseñanza.

A la Srta. Katty tesista de la unidad especializada de microbiología que me ayudo en la  parte inicial de mi práctica,  al Dr. Juan Carlos Castro por permitir desarrollar la practica en la unidad de biotecnología y por aceptarme como practicante.

A Anderson  tesista de la unidad especializada de biotecnología, al cual agradezco mucho porque siempre me aconsejaba y me enseñaba a como trabajar, sin duda es un ejemplo y gran profesional, agradezco al profesor investigador Jorge Angulo que me ayudaba en algunas cosas, también agradezco a mis amigos de biotecnología por hacer de mi instancia más fácil, a Debir  tesista de la  unidad  especializada de biotecnología,  porque él siempre me  prestaba  sus materiales.

 A Andry Mavila compañera amiga y practicante de la unidad especializada de biotecnología,  porque en esta ocasión me presto su laptop y porque a pesar todo me ha ayudado y siempre está ahí cuando la  necesito.

 A mi hermana lila que siempre me apoya económicamente y me da todo lo que necesito, muchas gracias.

ÍNDICE

                                                                                                                                                                              Pág.

DEDICATORIA        ii

AGRADECIMIENTO        iii

ÍNDICE        iv

Lista de Figuras        v

Lista de Tablas        v

Lista de Gráficos        v

Lista de Anexos        v

RESUMEN        vi

I. INTRODUCCIÓN        1

II. OBJETIVOS        3

2.1. General        3

2.2. Específicos        3

III. MATERIALES Y MÉTODOS        3

3.1. Área de estudio        3

3.2. Cultivo  de las cepas        3

3.3. Extracción del material genético        3

3.4. Análisis de la muestra extraída        4

IV. RESULTADOS        6

V. DISCUSIONES        9

VI. CONCLUSIONES        10

VII. RECOMENDACIONES        11

VIII. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS        12

IX. ANEXOS        14

Lista de Figuras

                                                                                                                                                                                 Pág.

Figura 1. Procedimientos de electroforesis.        4

Figura 2. Esquema de lectura por nanodrop        5

Figura 3. Corrida electroforética de las muestras de ADN        6

Lista de Tablas

         Pág.  

Tabla 1. Datos nanodrop y promedios para St. aureus (G+)        6

Tabla 2. Datos nanodrop y promedios para Ps. aeruginosa (G-)        7

                Lista de Gráficos

         Pág.

Grafico 1. Comparación de las concetraciones de ADN total por especie.        7

Grafico 2. Comparación de los ratios de calidad promedio de  gram + y gram -        8

Lista de Anexos

         Pág.

Anexo 1. Registro  fotográfico        14

Fotografía 1. Materiales para preparar el medio de cultivo Caldo soya tripticasa.        14

Fotografía 2. Momento del sembrío de las sepas por duplicado.        14

Fotografía 3. Midiendo la cantidad de buffer TBE para el gel.        15

Fotografía 4. Calentando en el microondas el agar puesto en el buffer TBE.        15

Fotografía 5. Poniendo el bromuro de ètilo en el la solución de agar y buffer TBE.        16

Fotografía 6. Vaciando el agar sobre el molde para el gel de electroforesis.        16

Fotografía 7. Cámara de electroforesis  y sus electrodos.        17

Fotografía 8. Fuente de poder para la electroforesis.        17

Fotografía 9.  Nanodrop 2000.        18

Fotografía 10. Interfaz  del programa        18

RESUMEN

El área donde se realizó la presente práctica fue en las instalaciones del CIRNA, en las unidades especializadas de microbiología y biotecnología, todo ubicado en San Lorenzo, Distrito de Belén, Provincia de Maynas, Departamento de Loreto. La misma se desarrolló en el transcurso del tiempo de dos meses entre los meses de febrero y  marzo, el objetivo del estudio fue determinar la eficiencia del método de extracción de  ADN total  por choque térmico para Pseudomonas aeruginosa y Staphylococcus aureus, para lo cual utilizamos el método de choque térmico que consistía en congelar  la muestra bacteriana durante 30 minutos  y  luego someterla a ebullición por unos 15 minutos, para luego centrifugar y rescatar el sobrenadante, guardándolo a -20ºC, después se analizó  la muestra por electroforesis y el análisis espectrofotométrico se hizo con  el nanodrop 2000. La eficiencia del método no es muy buena ya que la lectura de la  muestra en nanodrop mostro cierta contaminación por resto celulares y proteínas desnaturalizadas que se produjeron en la ebullición de la muestra, sin embargo tenemos que este método es sencillo y menos costoso  ya que no usa de reactivos caros y tóxicos y tanto el  ADN bacteriano de las G+ y G-, siendo ligeramente  mejor en las G+, puede ser utilizado en  un análisis para la identificación de la  sepa por PCR.

Palabras claves: choque térmico, ebullición,  electroforesis, espectrofotométrico, nanodrop, Pseudomona aeruginosa, Staphylococcus aureus

I. INTRODUCCIÓN

Las infecciones nosocomiales representan un problema muy importante en la salud publica ya que no solo afectan a la salud de la  comunidad  si no que trasciende en los ámbitos económicos y sociales. Además de ser un gran desafío para las instituciones de salud y el personal médico responsable de su atención en las unidades donde se llegan a presentar, son de importancia clínica y epidemiológica debido a que condicionan altas tasas de morbilidad y mortalidad, además de tener un gran incremento en los días de hospitalización, así como los costos de atención.1 Uno de los principales problemas asociados con estas enfermedades es la aparición de resistencia a los antibióticos de uso común, debido principalmente a su abuso e inadecuada utilización, generando microorganismos multirresistentes, importantes repercusiones tanto en los pacientes como en los sistemas de salud, así como aparición de brotes epidémicos, elevación en la morbimortalidad y en los costos.2

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