Capitán Jacob Keyes

Es el año 2552, la humanidad ha conquistado el viaje a través del hiperespacio superando la velocidad de la luz y debido a la sobrepoblación mundial han debido crear colonias en otros planetas para vivir. Pero también están en guerra con una alianza religiosa de especies alienígenas llamada El Covenant que desean arrasar con la Tierra y sus colonias por que creen que la humanidad es un desperdicio a sus CREENCIAS.

Para evitar que los siga hacia la Tierra, el Pillar of Autumn hace un salto ciego al hiperespacio llegando a los bordes de la galaxia, aunque con sus enemigos pisándoles los talones. El Jefe Maestro, una vez despertado de su crioestasis por órdenes de Keyes escapa del Pilar llevándose a la I.A. femenina de esta, Cortana, para prevenir que el Pacto la capture y aprenda de los puntos débiles de la UNSC y de la localización de la Tierra. Una vez insertada en la armadura cibernética del Jefe Maestro, los dos escapan en una cápsula salvavidas de la nave que está siendo atacada por hordas del Covenant y aterrizan en un planetoide con forma de anillo llamado Halo. En la superficie de Halo, Jefe Maestro localiza y rescata a las fuerzas desperdigadas de soldados marines que también habían escapado del Autumn y luego rescata al Capitán Keyes, preso por el Covenant en una de sus naves estacionada en Halo, la "Truth and reconciliation" (Verdad y Reconciliación).

Una vez libre, el Capitán Jacob Keyes ordena a Cortana y a Jefe Maestro localizar la Sala de Control de Halo antes que El Covenant. Ellos lo logran mediante El Cartógrafo Silencioso (Silent Cartographer), un mapa de todo el anillo. Pero Cortana, insertada en las redes de la Sala de Control, descubre que El Covenant accidentalmente ha liberado a una Enfermedad infecciosa raza alienígena en el anillo llamada los Flood, y lo manda a buscar a Keyes y un escuadrón de marines en un oscuro pantano al que habían ido en busca de un supuesto depósito de armas del Covenant, justamente el lugar donde reaparecieron los Flood.

Mediante la grabación del casco del soldado raso Wallace Jenkins, Jefe Maestro descubre que los Flood emboscaron a Keyes y su escuadrón y que al parecer los infectaron convirtiéndolos en agresivos Mutantes para engrosar sus filas. Jefe Maestro y un pequeño grupo de marines supervivientes luchan desesperadamente contra los Flood en las afueras del pantano para escapar en un Pelican, pero acercándose a una extraña estructura Jefe Maestro es teletransportado por un monitor robótico llamado 343 Guilty Spark que le explica que una antigua raza llamada Los Forerunner lo crearon a él y al anillo antes de desaparecer misteriosamente al disparar el anillo usando un Índice para prevenir que los Flood escaparan de su contencion desde hace milenios, y que ahora deben hacer lo mismo, guiándolo a través de una biblioteca subterránea Forerunner para recuperar el Índice, y por supuesto con cientos de formas Flood

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