Estudio Genes Relacionados Con Hematopoyesis Meloide

Introducción

Los sitios hipersensitivos DNasel (DHSs) son marcadores de la regulación del DNA y se han apoyado en el descubrimiento de todas las clases de los elementos cis reguladores, incluyendo los enhancers, promotores, elementos aisladores, silenciadores y regiones del control del locus. Se identificó 2.9 millones de DHSs que abarcan virtualmente todo el conocimiento experimental que esté validado de las secuencias cis reguladoras y expone un gran hallazgo de nuevos elementos, la mayoría con una alta regulación en la selección de células. Hay que tener en cuenta que estos elementos usan los datos de ENCODE y esto revela nuevas relaciones entre la accesibilidad de la cromatina, transcripción, metilación del DNA y los patrones reguladores del factor ocupacional. Se han conectado 580000 DHSs distales con su respectivo promotor diana (target promoters), revelando un emparejamiento sistemático de las diferentes clases de los DHSs distales y de los diferentes tipos de promotores específicos. Los patrones de accesibilidad de la cromatina de varias regiones reguladoras se organizan de docenas a cientos de elementos co-activadores y los patrones sensitivos trans de los DNasel celular de una región determinada pueden predecir la pluripotencialidad y la inmortalidad de las células mostrando una alta tasa de mutación, más que las células que están altamente diferenciadas. Esto representa un vínculo inesperado entre la accesibilidad de la cromatina, elpotenciador de la proliferación y los patrones de variación humanos.

Material y métodos

Para la realización de este proyecto se utilizó la información de la página web Genome Browser, trabajando siempre con la última versión de ENCODE y utilizando los siguientes genes: Alox5ap, Cad, Egr1, LIF, PLA2G3, RAB9B, RBM27, TNF y ZFP36L1. Dentro de cada gen se seleccionó la región que abarca unos 5000 pb anterior al inicio (promotor) del gen, vigilando qué dirección tiene cada gen: 5’ 3’ o 3’ 5’. Dentro de Genome Browser se escogieron unos tracks específicos para poder obtener la información requerida. Los tracks seleccionados son:

Mirando en febrero 2009 (19):

- En Mapping: el primero.

- En Genes and Gene Prediction Tracks: última versión de GENCODE.

- En Regulation:

• ENCODE Regulation: los 3 últimos.

• ENC DNase faire: los 3 últimos.

Con estos tracks la pantalla de Genome Browser se divide en cinco zonas las cuales hemos clasificado como Gen, DHS1, DHS2, TF y DHSK de arriba abajo. La información que nos interesa es la relacionada con las líneas celulares relacionadas con el hematopoyesis, más concretamente con mieloide: CMK, HL-60, K562, GMs y Jurkat. En cada zona se han seleccionado unos datos específicos que son:

-DHS1 y DHS2: Dentro de cada casilla apuntamos su posición y score. Observamos si en la lista de líneas celulares hay las que nos interesen y en caso afirmativo apuntamos que línea es y su valor.

-TF: Cada casilla es un factor de transcripción y nos interesa su nombre (del factor) su posición, score y si existe alguna línea celular que nos interese, la apuntamos junto con su valor.

-DHSK: En esta zona se observa un gráfico de algunas líneas celulares (algunas de ellas tratadas con medicamentos). Añadiendo a nuestra tabla de resultados las líneas celulares que interesan y tengan la casilla con su información. Dentro de esa información se coge su posición, score y P-value.

Para finalizar se dividen las líneas celulares en dos grupos:

- El grupo 1 estará formado por CMK, HL-60 y K562. EL grupo.

- El grupo 2 por GMs y Jurkat.

Resultados

Una vez con los resultados comparamos:

• Grupo 1 (CMK, HL-60 y K562) y Grupo 2 (GMs y Jurkat).

• En genes los scores de: Grupo A (Alox5ap, Cad, Egr1 y ZFP36L1) y Grupo B (LIF, PLA2G3, RAB9B, RBM27 y TNF).

• Por finalizar los scores de los genes: Grup o A’ (Alox5ap, Cad, Egr1, RBM27 y TNF) y Grupo B’ (LIF, PLA2G3, RAB9B y ZFP36L1). El motivo de la comparación es observar si hay diferencia entre dirección 5’ 3’ y 3’ 5’.

DHS1

Score Score (M) Grupo 1 Grupo 1 (M) Grupo 2 Grupo 2 (M)

Alox5ap 2427 545 418 111 80 40

Cad 2861 477 573 115 1945 59

Egr1 3000 1000 946 105 5641 176

LIF 4617 735 395 39 575 23

PLA2G3 2777 691 18 18 103 18

RAB9B 763 763 28 28 513 39

RBM27 3538 621 1332 183 4699 247

TNF 2443 814 422 77 1428 51

ZFP36L1 4894 818 207 31 2023 40

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