Identificación de secuencias-Biotecnologia
Enviado por kingdom • 17 de Abril de 2016 • Ensayos • 750 Palabras (3 Páginas) • 179 Visitas
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INSTITUTO TECNOLÓGICO DE ZACATEPEC
Departamento de ingeniería química y bioquímica
Asignatura:
Biotecnología
Maestro:
Granados Baeza Manuel Jesús
Trabajo:
Identificación de secuencias
Numero de tarea:
1
Integrantes del equipo:
García rico Karina Guadalupe nc 13090262
Navarro cárdenas Javier nc10090756
Smith López Luis David 12090068
Domínguez nava Joaquín nc 12090056
Fecha de entrega: 18/02/2016
Introducción:
BLAST es desarrollado por los Institutos Nacionales de Salud del gobierno de EE. UU., por lo que es de dominio público y puede usarse gratuitamente desde el servidor del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI).
En éste trabajo se exponen diferentes tipos de microorganismos, usando la herramienta de búsqueda BLAST, donde se comparó una secuencia de nucleótidos otorgadas con el profesor, con la de la base de datos de BLAST.
El programa de BLAST NO garantizó que las secuencias que alinea sean homólogas y mucho menos que tengan la misma función, simplemente provee posibles candidatos. Se necesitan más análisis para anotar correctamente una secuencia.
La puntuación del BLAST depende del largo de la secuencia, una secuencia muy corta tendrá una puntuación menor que una grande simplemente por la cantidad de caracteres que tiene. Así que siempre se debe interpretar la puntuación con respecto al largo de la secuencia
Objetivo:
-Con el uso de la herramienta BLAST, comparar las secuencias brindadas por el profesor para identificar el tipo de microorganismo y su función.
Metodología
Paso 1.- primero se ingresó a la página buscadora de similitudes genómicas blast.ncbi.nlm.nih.gov, después se seleccionó la primera opción nucleotide blast (fig.-1).
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Paso 2.- Se introdujo la secuencia en formatoFASTA en el primer cuadro, se continúo por presionar la opción BLAST (fig.-2).
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Paso 3.- se identificó el organismo que tuviera un mayor porcentaje de similitud con la secuencia(fig.-3).
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Paso 4.- Al inicio de página se eligió la opción blastx para la búsqueda de datos de proteínas, además de realizar el mismo procedimiento ya descrito.
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Resultados
Gen 1:
|
Gen 2:
Descripción | Max | Query | Ident | Tipo de molécula | E Value |
Corynebacterium glutamicum MB001, complete genome | 2865 | 99% | 100% | Ácido nucleico | 0 |
catalase [Corynebacterium glutamicum] | 1075 | 99% | 100% | 0 | |
Descripción | Max | Query | Ident | Tipo de molécula | E Value |
Pan troglodytes mitochondrial DNA, complete sequence | 2850 | 100% | 100% | Ácido nucleico | 0 |
cytochrome c oxidase subunit I [Pan troglodytes] | 806 | 99% | 93% | 0 | |
Gen 3:
Gen 4:
Descripción | Max | Query | Ident | Tipo de molécula | E Value |
Canis lupus familiaris catalase (CAT), mRNA | 4102 | 99% | 100% | Ácido nucleico | 0 |
catalase [Canis lupus familiaris] | 1107 | 71% | 100% | 0 | |
Gen 5:
Descripción | Max | Query | Ident | Tipo de molécula | E Value |
Escherichia coli K-12 GM4792 Lac-, complete genome | 1393 | 100% | 100% | Ácido nucleico | 0 |
MULTISPECIES: fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator [Proteobacteria] | 516 | 99% | 100% | 0 | |
Gen 6
Description | Max score | Query cover | Ident | Tipo de molecula | E Value |
HIV-1 isolate IIIB from United Kingdom | 1070 | 99% | 100% | Acido nucleico | 0.0 |
protein sor | 372 | 99% | 100% | 1e-128 |
Gen 7
Description | Max score | Query cover | Ident | Tipo de molecula | E Value |
Rhizobium etli CIAT 652 plasmid pB | 1652 | 99% | 100% | Acido nucleico | 0.0 |
MULTISPECIES: nitrogenase iron protein [Rhizobium] | 566 | 99% | 100% | 0.0 |
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