“BACTERIOLOGÍA Y LABORATORIO CLÍNICO”
Enviado por yeimyE3 • 12 de Mayo de 2021 • Informes • 1.339 Palabras (6 Páginas) • 102 Visitas
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UNIVERSIDAD DE SANTANDER (UDES)
CAMPUS CÚCUTA
“BACTERIOLOGÍA Y LABORATORIO CLÍNICO”
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TALLER BIOINFOMÁTICA
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1. ¿Qué es bioinformática?
Es una disciplina científica la cual confluyen elementos
matemáticos, tecnológicos y computacionales aplicados
a un proceso biológico, generalmente en la práctica.
2. ¿Qué es una base de datos?[pic 6]
Son bancos de información o contenedor, los cuales son
un conjunto de datos pertenecientes a un mismo contexto
y almacenados sistemáticamente y categorizarlos para su
posterior uso, es una herramienta para recopilar y organizar
información.
3. ¿Qué es el GenBank y para qué sirve?
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De acuerdo con (Dennis A. Benson, 2000)
GenBank es una base de datos pública
Que contiene una colección completa de
secuencias de nucleótidos y anotaciones
bibliográficas y biológicas de apoyo.
GenBank está construido y distribuido por
el Centro Nacional de Información
Biotecnológica (NCBI), una división de la Biblioteca Nacional de Medicina. Para que sirve: para la determinación de secuencias de nucleótidos que contiene más de 260,000 organismos nombrados, estadísticas, genomas microbianos, genomas completos, secuencias de transcriptomas, apoyo bibliográfico
4. ¿Qué es el número de referencia de un gen o una secuencia en el GenBank? Mencione algunos?
De acuerdo con Barroso Espadero etc. (2014). Es el número que identifica al gen o secuencia de RefSeq. Genomas RefSeq son copias de genomas ensamblados seleccionados disponibles en GenBank. Es una colección de diversas taxonómicamente, no redundantes y ricamente anotadas secuencias que representan moléculas naturales de ADN, ARN y proteínas. Se incluyen secuencias de los plásmidos, los orgánulos, virus, arqueas, bacterias y eucariotas.
Ejemplos: S. Meliloti AY393697 ó Agrobacterium tumefaciens NP_35596
5. ¿Qué significan las siglas NCBI? ¿Qué función tiene?
National Center for Biotechnology Information (Centro Nacional para la Información Biotecnológica), su función es proporcionar acceso a la información biomédica y genómica sobre la estructura de los genomas ensamblados, nombres de ensamblajes, informes estadísticos y enlaces a datos de secuencias genómicas.
6. ¿Para qué sirve PUBMED?
PubMed es un Sitio de base de datos que contiene búsqueda de libre acceso a la base de datos MEDLINE de citaciones y resúmenes de artículos de investigación biomédica datos comprende más de 30 millones de citas de literatura biomédica de MEDLINE, revistas de ciencias biológicas y libros en línea. Ofrecido por la Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos como parte de Entrez. MEDLINE. Espadero.etc (20149)
7. ¿Indique para qué sirven los siguientes sitios (bases de datos).(dBSNPs, PFAM,SWISSPROT, PROFAM, PROSITE, BLOCKS, OMIM, PUBMED.?
Sitios (bases de datos) | Imagen | ¿Para qué sirve? |
dBSNPs | [pic 8] | Base de datos global de todos los SNPs. Está contenida en NCBI dbSNP que es un almacenamiento público de variaciones de nucleótidos presentada. La unidad también describe uno de los formatos de visualización de resultado llamados GeneView para obtener información acerca de todos los SNPs presentados en un gen particular. De acuerdo con ST Jerez.etc.(1 de enero de 2001). |
PFAM | [pic 9] [pic 10] | PFAM es una gran colección de alineaciones de secuencias múltiples de proteínas y modelos de Markov ocultos de perfiles. Se describen las mejoras en la metodología para buscar la colección de PFAM localmente y a través de la web. Para cada familia en Pfam se puede: Ver sus alineamientos múltiples, Revisar la organización de los dominios proteicos, Examinar la distribución de especies, De acuerdo con Bateman etc. (2004). |
SWISS-PROT | [pic 11] | Es la sección anotada y revisada manualmente de lavase de conocimientos UniProt Se trata de una base de datos de alta calidad anotada y no redundante de secuencias de proteínas, que reúne a los resultados experimentales, características calculadas y conclusiones científicas. |
PROFAM | Base de datos orientada al estudio de familias proteicas describiendo sus entidades y relaciones entre ellas, así como los tipos de problemas que se puede utilizar para resolver. | |
PROSITE | [pic 12] [pic 13] | La base de datos PROSITE consiste en patrones y perfiles biológicamente significativos formulados de tal manera que con las herramientas computacionales apropiadas puede ayudar a determinar a qué familia conocida de proteínas (si corresponde) pertenece una nueva secuencia o qué dominio conocido contiene. De acuerdo con Bairoch, A., Bucher, P. y Hofmann, K. (1996). |
BLOCKS | Base de datos contiene los bloques múltiples alineaciones de regiones conservadas en las familias de proteínas. | |
OMIM | [pic 14] [pic 15] | Es una base de datos que cataloga todas las enfermedades conocidas con un componente genético, este proporciona referencias para el análisis genómico de un gen catalogado. OMIM también tiene una tabla derivada de genes y fenotipos genéticos, el Mapa Mórbido. OMIM tiene capacidades de búsqueda mejoradas, como la búsqueda de coordenadas del genoma. De acuerdo con. Amberger, JS.etc. (2015). |
PUBMED | [pic 16] | PubMed es una base de datos, de acceso libre y especializado en ciencias de la salud, contiene artículos de investigación biomédica, con más de 19 millones de referencias bibliográficas. Amberger, JS, Bocchini, CA, Schiettecatte, F., Scott, AF y Hamosh, A. (2015). |
Tabla 1. Tipos bases de datos
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